Бункеры строили с целью защиты подлодок от авиации и диверсионных групп противника, их ремонта и обслуживания. Они, безусловно, выполняли оборонительную функцию. Более того, почти все бункеры находились на Атлантическом побережье и могли считаться составной частью оборонных сооружений Атлантического вала.
Проблема защиты баз подводных лодок от воздушных бомбардировок приобрела особенную остроту в Германии в 1940—1941 годах.
Захват военно-морских баз Франции на побережье Бискайского залива позволил, с одной стороны, значительно облегчить выход подводных лодок на океанские коммуникации Великобритании. Но с другой стороны, выдвижение субмарин на передовые базы одновременно сделало их гораздо более уязвимыми для интенсивных воздушных налётов.
В то время, как прежние базы германского флота на берегах Балтики и Северного моря были достаточно надёжно прикрыты системой раннего предупреждения и развитой сетью аэродромов, передовые базы, расположенные на побережье океана, были сравнительно открыты для налётов со стороны моря британских бомбардировщиков. Интенсивные авианалёты наносили существенный урон, как конструкциям военно-морских баз, так и стоящим в доках подводным лодкам.
Даже незначительные повреждения от ударной волны или осколков не позволяли вывести субмарину в море. Истребители и зенитная артиллерия не могли эффективно защищать расположенные на побережье и достаточно большие по площади военно-морские базы.
Бункеры имели различные размеры и конструкции. Некоторые из них были сухими доками, а другие - закрытыми массивными сооружениями. Последние должны были обеспечить возвращающимся из походов подводным лодкам надёжное и безопасное убежище.
Типичный бункер подводных лодок обычно представлял собой прямоугольную конструкцию, состоявшую из расположенных параллельно друг другу железобетонных «пеналов», каждый из которых был рассчитан на одну или несколько субмарин. «Пеналы» разделялись массивными стенами-опорами, поддерживающими бомбонепроницаемую бетонную крышу. обычные авиабомбы практически не в состоянии нанести какой-либо урон бункерам.
Ее толщина в зависимости от конкретного проекта и достигала 6 — 7 метров, при этом крыша не была монолитной: укрепленные металлической арматурой бетонные прослойки чередовались с воздушными подушками. Такой многослойный «пирог» позволял лучше гасить энергию ударной волны в случае прямого попадания бомбы в сооружение. Крыша бункера часто засыпалась гранитной крошкой, и оснащалась позициями для зенитной артиллерии.
Каждый «пенал» бункера представлял собой индивидуальный док, используемый для обслуживания и ремонта субмарины. Обычная длина «пенала» составляла 80-90 метров, ширина составляла от 10 до 17 метров. Одна крупная субмарина или от 2 до 4 средних и малых обычно могли обслуживаться одновременно. Каждый «пенал» с одного конца открывался на фарватер порта. Некоторые «пеналы» закрывались герметичными дверями и могли использоваться как сухие доки для капитального ремонта, другие же представляли собой просто временные стоянки для субмарин.
Изначально, все бункеры строились в основном для обслуживания готовящихся к выходу в море лодок и текущего ремонта. По мере ухудшения для Германии военной обстановки, немцы начали переносить в бункеры основные ремонтные и сборочные мощности.
Многие бункеры постройки 1942—1944 годов сооружались как сборочные площадки, где доставляемые с заводов секции корпусов подводных лодок соединялись вместе. В них размещались мастерские и оборудование для ремонта и обслуживания лодок.
За годы войны на территории Германии было построено бункеры в Гельголанде, Бремене, Гамбурге, Киле и в Вильгельмсхафене. Во Франции бункеры были построены в Бордо, Бресте, Ля Рошеле, Лорьяне и Сен-Назаре. В Норвегии бункеры соорудили в Бергене и Тронхейме. В целом в них можно было укрыть более 170 подводных лодок.
После окончания войны ряд бункеров был разрушен британцами зарядами взрывчатки для расчистки места в портах. В настоящее время, некоторые используются как музеи или мемориалы.