Храм построили на месте деревянного в 1735 году, а в 1754 он уже сильно пострадал от пожара, который уничтожил и множество городских строений. Уцелел в пожаре только образ Иоанна Крестителя.
Храм восстановили в 1763 году, а для внутренней отделки использовали искусственный мрамор разных цветов.
Храм еще ремонтируется в конце 19 века, заново расписываются стены, а пол покрывают паркетом, семиярусный иконостас переписывают на новом полотне, но на старых досках по рисункам художников Васнецова, Сорокина, Нестерова и Маковского.
Трехъярусная колокольня храма в готическом стиле построена в 1784 г. На углах первого и второго ярусов установлено по три колонны и только во втором они соединены стрелкой.
В 1929 г. храм, как многие в то время храмы, закрывают (по некоторым источникам он был закрыт в 1934 г.), т.к. община была не в состоянии провести капитальный ремонт. В середине 50-х годов 20 века разобрали алтарь храма, выходящий на Московскую улицу, так как посчитали «мешающий проезду автотранспорта». Но с 1960 года храм Иоанна предтечи сделали памятником архитектуры и градостроительства республиканского значения постановлением СМ РСФСР № 1327 от 30.08.1960 и до 1995 года здесь находился колледж культуры.
7 августа 1995 г. храм Иоанна Предтечи передали Калужской епархии Русской Православной Церкви. Сейчас храм внешне восстановлен, но ведутся работы по внутреннему убранству и настенной росписи.