Американская коллегия медицинской генетики и геномики (ACMG) обновила рекомендации (версия 3.2) – добавила три гена, определённые варианты которых следует относить к случайным находкам. Генетическим лабораториям при интерпретации результатов секвенирования необходимо сообщать о случайных находках в генах, занесённых в список ACMG. Статья, посвящённая новым рекомендациям, опубликована в журнале Genetics in Medicine.
Три гена CALM1, CALM2 и CALM3, вошедшие в рекомендации, отвечают за синтез белка кальмодулина и связаны с развитием сердечно-сосудистых заболеваний, некоторые варианты в этих генах вызывают предрасположенность к синдрому удлинённого интервала QT. В исследованиях удалось подтвердить, что риск сердечно-сосудистых заболеваний, ассоциированный с мутациями в CALM1, CALM2 и CALM3, повышен по сравнению с риском, возникающим при мутациях других генов, которые ранее уже были внесены в список ACMG, или аналогичен ему.
CALM1, CALM2 и CALM3 расположены на разных хромосомах, но отвечают за синтез идентичных белков, состоящих из 149 аминокислот. Ранее эти гены были классифицированы ресурсом ClinGen как имеющие доказанную связь с развитием синдрома удлинённого интервала QT с атипичными признаками, такими как раннее начало и возникновение функциональной блокады сердца, а также тяжёлым течением заболевания.
Коллегия рассматривала и ген ATP7A, однако он не был включён в рекомендации. Авторы заявили, что при появлении новых данных о связи ATP7A с болезнью Менкеса или другими фенотипами вопрос о внесении в список этого гена будет поставлен повторно.
«Мы продолжаем регулировать перечень генов, рекомендуемых к предоставлению в качестве случайных находок, ориентируясь на их клиническую значимость», – отметил ведущий автор статьи Дэвид Миллер (David Miller), сопредседатель рабочей группы по анализу случайных находок ACMG.
В 2013 году ACMG впервые выпустила рекомендации со списком из 56 генов, о которых следовало сообщать дополнительно при выдаче результатов, связанных с основным заболеванием. В него вошли гены, ассоциированные с раком молочной железы и яичников, гипертрофической и дилатационной кардиомиопатией, семейной гиперхолестеринемией и другие. Рекомендованный список обновлялся в 2016, 2021 и 2022 годах (некоторые гены были исключены, многие добавлены).
«Гены риска сердечно-сосудистых заболеваний были представлены в списке случайных находок с момента его создания, это связано с высокой распространённостью сердечной недостаточности и внезапной сердечной смерти, которые можно предотвращать и лечить с помощью методов с доказанной эффективностью», – пишут исследователи.
Авторы заявили, что рабочая группа по анализу случайных находок ACMG продолжит корректировать и дополнять текущий список генов, и в январе 2024 года будут опубликованы обновлённые рекомендации.
Источник: www.genomeweb.com