В 106 г. до н.э. Боспорское царство, расположенное в Пантикапее (современная Керчь) и Херсонесе, было включено в Понтийское царство, другое эллинистическое государство, которое контролировало значительную часть Крыма (Таврику). В то время Понтийская держава, являвшаяся доминирующей силой в Малой Азии, препятствовала расширению Рима на Восточном Средиземноморье. С 89 г. до н.э. начались кровопролитные Митридатовы войны между Понтием и Римом. В этих войнах Митридат Понтийский получил поддержку части племен, проживающих на причерноморском побережье, включая скифов и сарматов. В результате Первой Митридатовой войны (89—85 до н.э.) Боспорское царство отделилось от Понтийского государства, но вскоре было возвращено под контроль Митридата после поражения армии Боспора.
В ходе Третьей войны (74—63 до н.э.) римские войска под руководством Помпея захватили значительную часть Понтийского царства. Митридат отступил в свои таврические владения, но вскоре они оказались заблокированы римским флотом. Римским войскам было приказано арестовывать все торговые суда, выходящие из местных гаваней, и казнить купцов, что привело к серьезному экономическому ущербу для Боспора. Блокада вызвала восстание в нескольких городах Боспорского царства, которое достигло своего пика в бунте, организованном Митридатовым сыном Фарнаком против отца. В результате Митридат либо покончил с собой, опасаясь попадания в плен, либо был убит.
Фарнак отправил Помпею бальзамированное тело Митридата, выражая свою подчиненность, и за это был оставлен правителем Боспора и Херсонеса под римским протекторатом. По иронии судьбы Фарнак впоследствии повторил почти ту же самую печальную историю, что и его отец. Воспользовавшись гражданской войной в Риме, он смог вернуть понтийские владения Митридата, но после того, как потерпел поражение от Цезаря в битве при Зеле, он бежал в Крым, где был предан своим наместником Асандром и убит. Именно в связи с победой в битве при Зеле Цезарь изрек знаменитые слова: "Пришел, увидел, победил". В грандиозных завоевательных планах Цезаря, о которых писал Плутарх, явно не было места для независимого Понта или Босфора.
Рим находился в нестабильном положении в Боспорском царстве, которое формально находилось под римским протекторатом в составе провинции Мезия. Боспор был ценным источником зерна и сырья для римлян, а также важной военной базой на северо-востоке. Однако его контроль был сложным из-за удаленности и угрозы со стороны местных варварских племен, которые могли поддерживать претендентов на власть в Боспоре, не подчиненных Риму. Отношения Рима с Асандром были напряженными, и только перед самой смертью Асандра Рим признал его легитимность. Сын Асандра, предположительно Аспург, который заложил основы сарматской династии, правил в дружественных отношениях с Римом. Однако сын Аспурга, Митридат VIII, уже вступил в войну с римлянами.
После победы римлян над тавроскифской армией, осаждавшей Херсонес в 60-х годах н.э., над полисом был установлен протекторат, и туда был размещен римский гарнизон. Дополнительный военный лагерь был установлен в бухте Сюмболон (Балаклава), а на мысе Ай-Тодор римляне построили крепость Харакс. Под Домицианом в конце 1-го века римские войска были эвакуированы из Крыма. Вновь римские гарнизоны, включающие подразделения из разных легионов, таких как I Италийский, V Македонский и XI Клавдиев, появились в Таврике в середине 2-го века н.э. Периодически военные корабли Равеннского флота заходили в крымские воды.
В середине 3-го века римские войска были переброшены из Крыма для защиты дунайских рубежей от вторжений варваров во время Скифской войны. Примерно в это же время готы и бораны начали вторгаться в Боспор, что привело к миграции населения и упадку эллинистических городов Боспора. В 4-ом веке Боспор обратился к Риму с просьбой о защите от готов и аланов, предлагая щедрое вознаграждение, однако сам Рим уже имел трудности с отражением варварских нападений. Только в конце 4-го века войска Восточной Римской империи появились в Крыму, и Крым перешел под их контроль.
