Свято-Троицкий собор Александро-Свирской обители - это четвертое по счету здание, построенное со времен деревянной церкви. Предыдущий пятиглавый собор был разрушен в 1613 году.
На исходе смутного времени сборное разбойничье войско поляков и шведов, отступающих от Москвы, прошло по северо-западу. По пути они разоряли все - города, села и монастыри. Обитель Александра Свирского разделила эту печальную участь и была полностью сожжена. Даже каменный Троицкий храм был разрушен, его восстановили лишь в 1695 году, в начале правления Петра I.
А вот Покровскую церковь с трапезной и звонницей, построенную в новгородском стиле, захватчикам разрушить не удалось, она сохранилась почти в первозданном виде. Возводить ее начали еще во времена Александра Свирского, а в начале строительства произошло еще одно чудо, прославившее преподобного и его обитель.
Уже был построен алтарь и преподобный молился в нем со своим учеником Афанасием. Во время молитвы Александру явилась Пресвятая Богородица и говорила с ним. Дева Мария восседала на облаке, как на троне, в окружении ангелов. А внизу работали монахи и строили храм. Богородица сказала игумену: «Кто хоть камень принесет для строительства, того я не оставлю!»
Паломники узнали об этом чуде и, отправляясь в монастырь, брали с собой камни. И получилось так, что начало церкви построено из камня, а дальше уже пошли кирпичи.
Александр Свирский был явно отмечен Господом, однако до конца дней своих оставался человеком удивительной скромности, был совершенно чужд честолюбию и человеческой славе. Он с удовольствием брался за любую работу: таскал воду, колол дрова, мел дворы наряду с рядовыми иноками. В последние дни жизни, заранее предвидя свою кончину, преподобный стал наставлять братию монастыря как им жить дальше. Он велел не хоронить его с почестями, а оттащить тело в болото и затоптать ногами в трясину. Когда монахи отказались, преподобный попросил похоронить его неподалеку от алтаря часовни, неподалеку от Преображенского собора. Братия исполнила волю игумена. А через 107 лет после погребения строители, возводившие новый собор, во время работ по подготовке фундамента случайно наткнулись на гроб. В нем находились нетленные мощи преподобного Александра.
После кончины преподобного, в 1533 году и обретения его нетленных мощей, северная Лавра приобрела статус одного из титульных Российских монастырей, активно развивалась и застраивалась. Одна за другой появлялись новые святыни - Преображенский собор, церковь Захария и Елизаветы, Троицкий собор, церковь Иоанна Дамаскина, каменная часовня на месте явления Троицы. В лучшие времена в монастыре было 8 храмов, богатая ризница. библиотека с древними рукописями, свитками и книгами. В Престольный праздник Святой Троицы обитель принимала более 4 тысяч паломников. Ей подчинялось 27 монастырей и пустыней Олонецкого края.
Однако к середине 19 века монастырь лишился статуса общежительного и стал штатным, то есть стал существовать за счет государственной казны. Монастырь стал потихоньку угасать. Общежительный устав вернулся в обитель лишь в конце 19 века, тогда под началом архимандрита Агафангела, который пришел сюда из Валаама, монастырь вновь расцвел.
А в 1918 году в монастырь пришли первые комиссары...