Не существует специализированной программы, объединяющим фактором который является Транссибирская железнодорожная магистраль. Однако во всех регионах России, через которые проходит эта сложная железнодорожная система, активно работают федеральные и региональные программы сохранения биоразнообразия, направленные, в том числе, и на охрану и восстановление редких видов.
Так, Приморский край известен успехами в реализации регионального проекта «Сохранение биоразнообразия в Приморском крае». В рамках этого проекта осуществляются и мероприятия по восстановлению и охране редких и исчезающих видов растений, грибов, животных.
Хабаровский край, сравнимый своими природными богатствами с Приморьем, реализует среди прочих системных мероприятий региональный проект «Сохранение биологического разнообразия и развитие экологического туризма».
Кроме Концепции развития системы особо охраняемых природных территорий регионального значения в Забайкальском крае на период до 2030 года, в крае действуют и целевые программы, поддерживаемые грантовыми программами. К примеру, программа «Сохранение редких, исчезающих и эндемичных видов животных и растений Байкальской природной территории» Фонда поддержки прикладных экологических разработок и исследований «Озеро Байкал».
Охрана редких, исчезающих видов в Иркутской области имеет под собой нормативно-правовое обоснование в форме Постановления от 25 мая 2020 года N 370-пп «Об утверждении перечня редких и находящихся под угрозой исчезновения растений, животных и других организмов, обитающих (произрастающих) на территории Иркутской области и включаемых в Красную книгу Иркутской области».
Государственная программа Новосибирской области «Охрана окружающей среды» в своем фактическом изложении является логическим продолжением ранее актуальной государственной программы Новосибирской области «Сохранение, воспроизводство и устойчивое использование охотничьих ресурсов Новосибирской области в 2015-2020 годах». Отчетная документация Министерства природных ресурсов и экологии Новосибирской области не представляет специализированной аналитики мероприятий по сохранению редких и исчезающих видов, а, скорее, оценивает общие природоохранные мероприятия и оценку сохранности и восполнения охотничьих ресурсов.
14 октября 2021 года губернатор Омской области А.Л. Бурков утвердил Стратегию развития системы особо охраняемых природных территорий в Омской области на период до 2030 года. В рамках этой стратегии предусмотрены мероприятия по охране и восстановлению редких и исчезающих видов на территории области.
В январе 2022 года в Тюменской области функционировала 101 ООПТ. Там планомерно осуществляются охрана и восстановление редких видов растений и животных. Оценка распространенности этих видов на различных территориях Тюменской области осуществляется также в ходе экологического мониторинга индустриально освоенных земель.
Мероприятия по охране редких и исчезающих видов растений и животных Свердловской области регулируются Департаментом по охране, контролю и регулированию использования животного мира Свердловской области и основываются на Красных книгах региона и РФ.
3 марта 2021 года были внесены поправки в ныне действующее Постановление от 13 апреля 2009 года N 222-п «Об утверждении Порядка охраны редких и находящихся под угрозой исчезновения растений, животных и других организмов, занесенных в Красную книгу Пермского края». Это – основной юридический документ, нормирующий природоохранную деятельность в крае в отношении угрожаемых видов.
В рамках исполнения государственной программы Кировской области «Охрана окружающей среды, воспроизводство и использование природных ресурсов», утвержденной Постановлением правительства Кировской области от 27 декабря 2019 года № 731-П, принят и реализуется региональный проект «Сохранение биологического разнообразия на территории Кировской области».
31 марта 2020 года правительство Ярославской области утвердило государственную программу Ярославской области «Охрана окружающей среды в Ярославской области» на 2020-2024 годы. В ее рамках осуществляются основные мероприятия по охране биоразнообразия, в том числе – сохранение редких и исчезающих видов.
В Московской области с октября 2016 года действует Постановление N 795/39 «Об утверждении государственной программы Московской области «Экология и окружающая среда Подмосковья» на 2017-2026 годы».
Также в перечисленных регионах, как и на территории всей Российской Федерации, действуют Красные книги соответствующих регионов и России. На основании этих списков ведутся контроль, охрана и восстановление биологических видов, находящихся под угрозой."