Разнообразие оболочки ВИЧ (env) может привести к резистентности к широко нейтрализующим антителам (bNAbs). Оценка генотипической или фенотипической восприимчивости к антиретровирусному лечению часто проводится у людей с ВИЧ-1 и используется для скрининга клинических испытаний на восприимчивость к bNAb ВИЧ-1. Оптимальные методы скрининга восприимчивости к bNAb пока не ясны. Работа опубликована в Journal of acquired immune deficiency syndromes (JAIDS).
Фенотипический и генотипический анализы были проведены на 124 образцах скрининга для теропавимаба и зинлирвимаба, вводимых с ленакапавиром у людей с ВИЧ с подавленной вирусной активностью. Фенотипический анализ был проведен на интегрированном провирусе ВИЧ-1 и стимулированном вирусе роста, с восприимчивостью к bNAbs, определенной как 90% ингибирующая концентрация ≤2 мкг/мл. Ген провирусной ДНК ВИЧ env был генотипирован с использованием глубокого секвенирования, а восприимчивость bNAb прогнозировалась с использованием опубликованных сигнатур аминокислот env.
Результаты провирусного фенотипирования были представлены для 109 из 124 образцов; 75% (82/109) были восприимчивы к теропавимабу, 65% (71/109) к зинлирвимабу и 50% (55/109) к обоим bNAbs. Фенотипическая восприимчивость вирусов роста была доступна для 39 образцов; 56% (22/39) были восприимчивы к теропавимабу и 64% (25/39) к зинлирвимабу. Фенотипическая восприимчивость коррелировала между этими методами: теропавимаб r = 0,82 (P < 0,0001); зинлирвимаб r = 0,77 (P < 0,0001). Шестьдесят семь образцов имели генотипические и фенотипические данные. Провирусные генотипические сигнатуры предсказывали провирусную фенотипическую восприимчивость с высокой положительной прогностической ценностью (68–86% теропавимаб; 63–90% зинлирвимаб).
Восприимчивость к bNAb коррелировала между всеми тремя анализами in-vitro, используемыми для определения восприимчивости к теропавимабу и зинлирвимабу у людей с ВИЧ с подавленной вирусной нагрузкой.