Уважаемые коллеги, доброго времени суток! Мы начинаем обзор научных изданий в области Вычислительная математика. Сегодня хотим представить вашему вниманию нидерландское научное издание Genomics, Proteomics and Bioinformatics. Журнал имеет первый квартиль, издаётся в Beijing Genomics Institute, находится в открытом доступе, его SJR за 2021 г. равен 2,246, импакт-фактор 6,409, электронный ISSN - 1672-0229, предметные области - Вычислительная математика, Молекулярная биология, Биохимия, Генетика. Вот так выглядит обложка:
Редактором является Джун Ю, контактные данные - junyu@big.ac.cn.
Это официальный журнал Пекинского института геномики, Китайской академии наук и Генетического общества Китая. Целями GPB являются распространение новых достижений в области омики и биоинформатики, публикация высококачественных открытий в быстром темпе, а также содействие открытому доступу и онлайн-публикации через Article-in-Press для эффективной публикации. GPB заинтересован в материалах из всех областей науки о жизни, биологии и биомедицины, уделяя особое внимание сбору, анализу и кураторству больших объемов данных. Все рукописи, посвященные омиксам и связанной с ними биоинформатике, могут быть опубликованы у нас.
Адрес издания - https://www.journals.elsevier.com/genomics-proteomics-and-bioinformatics
Пример статьи, название - Multi-omics Data Reveal the Effect of Sodium Butyrate on Gene Expression and Protein Modification in Streptomyces. Заголовок (Abstract) - Streptomycetes possess numerous gene clusters and the potential to produce large amounts of natural products. Histone deacetylase (HDAC) inhibitors play an important role in the regulation of histone modifications in fungi, but little is known about the roles of HDAC in prokaryotes. Here, we described the global effects of the HDAC inhibitor, sodium butyrate (SB), on marine-derived Streptomyces olivaceus FXJ 8.021, particularly on the activation of secondary metabolites biosynthesis. antiSMASH analysis revealed 33 secondary metabolite biosynthetic gene clusters (BGCs) in strain FXJ 8.021, among which the silent lobophorin BGC was activated by SB. Transcriptomic data showed that the expression of genes involved in lobophorin biosynthesis (ge00097–ge00139) and CoA-ester formation (e.g., ge02824), as well as glycolysis/gluconeogenesis pathway (e.g., ge01661), was mainly up-regulated in the presence of SB. Intracellular CoA-ester analysis confirmed that SB triggered the biosynthesis of CoA-ester, increasing the precursor supply for lobophorin biosynthesis. Further acetylome analysis revealed that the acetylation levels on 218 acetylation sites of 190 proteins were up-regulated and those on 411 sites of 310 proteins were down-regulated. These acetylated proteins were particularly enriched in transcriptional and translational machinery components (e.g., elongation factor GE04399), and their correlations with the proteins involved in lobophorin biosynthesis were established by protein-protein interaction network analysis, suggesting that SB might function via a complex hierarchical regulation to activate expression of lobophorin BGC. These findings provide solid evidence that acetylated proteins triggered by SB could affect the expression of genes in the biosynthesis of primary and secondary metabolites in prokaryotes. Keywords: Silent gene cluster; Streptomyces; Sodium butyrate; Protein modification; Acetylome
