Группа исследователей из Университетского колледжа Лондона, Колумбийского университета и Оксфордского университета разработала новый подход к проведению транскриптомики и использовала его для выявления свойств 35 подтипов нейронов у мышей.
Введение
Целью нейробиологии является выявление того, как на самом деле работает нервная система животных. У одних (например, у пресноводной гидры) она проста, у других же (например, у шимпанзе) невероятно сложна и хранит массу загадок. Чтобы разобраться в структуре и функции различных клеток нервной системы (и главным образом головного мозга), ученые применяют самые разные методы - от микроскопии до секвенирования белков. Отдельной отраслью изучения мозга является создание каталогов типов и подтипов нейронов.
Транскриптомика - простыми словами, количественный анализ экспрессии генов в клетках на основе готового транскриптома. Транскриптом - запись совокупности транскриптов РНК в клетке, получается путем секвенирования РНК. На ее основе удобно выявлять новые свойства типов клеток, так как карта РНК, один из основных источников информации, как раз и является продуктом транскриптомики.
Отсюда же следует и идентификация ролей, которые каждая клетка играет в организме.
Исследование. Как работает coppaFISH
В этой новой работе исследователи разработали новый способ исполнения транскриптомики. Они назвали его «coppaFISH», и он способен определять экспрессию 72 генов одновременно на тонком срезе мозговой ткани. Как он работает? Это многие традиционные методы транскриптомики, сочетаемые с необычным методом - двухфотонной визуализацией кальция. Транскриптомические профили, полученные при помощи coppaFISH, можно использовать для разбиения клеток на подтипы, основываясь на их транскриптомных индивидуальностях.
CoppaFISH был использован для получения данных о 1090 интернейронах с учетом их 35 известных подтипов. Было обнаружено, что определенные транскриптомные паттерны могут быть использованы для предсказания активности других типов клеток.
На этом фундаменте возможно выстроить ось, через которую многие типы клеток будут коррелировать со своими транскриптомными свойствами.
Оригинальная научная статья в Nature
#мозги #мозг #наука #биология #нейробиология #транскриптомика