Падение в 1234 году под ударами монгол империи Цзинь страшным громом прокатилось по всей Восточной Азии и в первую очередь - по Приморью и Приамурью, являвшихся духовным центром чжурчженей. После того, как монголы присоединили к своей вновь образованной империи эти территорию, перед этим устроив геноцид местного тунгусо-маньчжурского населения. В этой резне удалось уцелеть далеко не всем, остатки чжурчженей были вынужденны бежать в дальневосточные горы и тайгу, где в скором времени из них возникли новые народы, первое место среди которых по праву принадлежит нанайцам.
Из всех тунгусо-маньчжурских народов, возникших после падения империи Цзинь, нанайцы находились на самой высокой ступени развития, переняв богатый хозяйственный опыт и высокую культуру амурских чжурчженей и дауров - монгольских земледельческих племён. Помимо традиционных для тайги охоты и рыболовства, которое у нанайцев было круглогодичным и не ограничивалось бассейном Амура, нанайцы активно занимались земледелием, за что получили прозвище "люди земли". Активное производительное хозяйство позволяло нанайцам жить мирно, ни на кого не нападая, тем не менее, они никогда не забывали ратных традиций своих предков, благодаря которым неизменно давали отпор всем, кто хотел поживиться за их счёт.
Хотя проникновение русских в бассейн Амура началось в XVII веке, начало активных контактов с нанайцами пришлось на середину XIX века, причём к этому времени нанайцы подошли в весьма потрёпанном состоянии: стихийные бедствия не давали расти численности народа, голод и эпидемии выкашивали целые роды. Приход русских стал для нанайского народа настоящим спасением, активный обмен знаниями и технологиями способствовал выживанию нанайского народа и закреплению русских новосёлов на Амуре и Сахалине. По результатам Всероссийской переписи 1897 года на территории Российской империи проживало 5957 нанайцев (в середине XIX века их было около двух тысяч, по данным переписи 2010 года - 16000, из них 11671 проживают на территории России). Революция 1917 года стала ещё одним поворотным моментом в истории нанайского народа: совершенствовалось хозяйство, была полностью ликвидирована неграмотность, появилась нанайская интеллигенция. Распад СССР больно ударил по всем коренным народам Севера, в том числе и по нанайскому, но нанайцы смогли быстро оправиться от него и его последствий, благополучно сохранив достижения советской эпохи и свои столетние традиции, получив в 2002 году культурно-территориальную автономию в виде Нанайского района Хабаровского края.
