Продолжаем публиковать материалы вебинара по Thermo FS. Прочие статьи - в предыдущих публикациях
Система iBright
Мембрану, на которой произошло связывание антител с белками, для которых они специфичны, пользователь далее отправляет в гель-документирующую систему, которая позволяет работать с изображением.
ThermoFS создала для этих целей систему iBright – прибор, позволяющий визуализировать гели и мембраны с помощью хемилюминесценции и флюоресценции. Основное его преимущество в том, что он получает очень хорошие изображения.
Способствует этому камера с разрешением 9,1 Мп – на сегодня это самое лучшее разрешение камеры на рынке. Так что изображения она дает очень качественные.
Прибор оснащен механическим поворотным столиком, который можно повернуть на 10 градусов в одну и другую стороны. Это нужно для первоначального выравнивания геля или мембраны, которую положили не совсем ровно. Конечно, можно исправить перекос снимка в графическом редакторе, но пиксели, которые имеют форму квадрата, при повороте будут пересчитываться. Это приведет к размыванию бэндов, что не так критично, когда бэнды хорошие, но может стать помехой, когда искомого белка очень мало (а такая ситуация нередка). Полоску, соответствующую этому белку, нужно затем вытягивать, и даже небольшой ее поворот в графическом редакторе еще больше размоет такой бэнд и затруднит анализ результатов.
А прибор сам автоматически поворачивает столик на столько градусов, сколько нужно для выравнивания рассматриваемой мембраны. В графический редактор попадут все пиксели без искажений, и это преимущество использования данного оборудования.
Прибор имеет автофокус и автоэкспозицию, автоматический подбор параметров выдержки. Пользователь может дополнительно настроить все параметры вручную, но первоначальные автоматические настройки у iBright оптимальны.
Еще две уникальные особенности прибора – пять каналов флюоресценции и бининг. Суть бининга в пересчете пикселей путем их объединения. Например, по 4 пикселя изображения по горизонтали и вертикали у изображения, снятого камерой, объединяются и на обработанном изображении это будет уже один пиксель. Так повышается чувствительность. У этого прибора бининг до 16х16: если у пользователя действительно бэнд очень плохо виден, можно объединить эти пиксели и сделать бэнд более заметным, более ровным – пересчитать. Пиксели, которые были серыми, объединяются и становятся после такой обработки черными – видимость бэнда повышается.
Возможности прибора можно прочувствовать, если нарисовать произвольное изображение, используя разные флюоресцентные краски.
Такие технические «сложности» нужны для того, чтобы минимизировать различные побочные эффекты, влияющие на результат фореза. Например, в одной из лабораторий делали форез на готовых гелях и все до определенного момента шло замечательно, пока не включили отопление в лаборатории. Один бок геля, расположенный ближе к мощной батарее, начал высыхать быстрее, и видимые результаты стали искажаться. В рутинных экспериментах для рядового скрининга качество изображения может быть не столь критичным, как в случае, если результаты вместе с иллюстрацией лягут в основу публикации в журнале или предназначены для обсуждения с коллегами. В таких случаях нужна четкость и воспроизводимость результата.
Полная версия - на сайте
