Продолжаем публикацию текстовой версии вебинара об оборудовании ThermoFS. Первая часть - от 01.06.2022
ThermoFS предлагает для секвенирования NGS современный прибор Ion Torrent Genexus", для которого сейчас доступен чип, способный за один пробег получить до 60 млн прочтений.
Особенности чипа
Особенности этого чипа в том, что он состоит из четырех линий, а каждая из них работает независимо. Можно запускать только одну из них, и она дает 12-15 миллионов прочтений. Соответственно при использовании всего чипа на этом приборе доступны результаты до 60 млн прочтений за один запуск.
Весь чип суммарно «читается» 30 часов. Если использовать только одну линию, процесс сократится до 24 часов. В целом скорость работы прибора зависит от количества образцов и используемых линий.
Секвенирование на Genexus может быть таргетным или полногеномным. Таргетное секвенирование позволяет читать только участки генома, которые интересны пользователю – только мишени, которые имеют для него какую-то информационную ценность.
Ресурс AmpliSeq.com содержит инструмент, который позволяет создавать свои собственные таргетные панели под конкретные задачи. Пользователь создает панель под свою задачу либо из готовых решений, либо с нуля. Это можно сделать для любого генома: человека, улитки, винограда, животных, растений, грибов и т.д.
Смысл этой технологии в том, что секвенирование направлено именно на те мишени, которые интересны пользователю: для этого нужно выполнить амплификацию путем реакции ПЦР. И технология AmpliSeq позволяет подбирать праймеры к любым выбранным мишеням. Примечательно, что все эти праймеры будут работать в одной пробирке. Высокомультиплексная технология AmpliSeq позволяет в одной пробирке комбинировать до 12,5 тысяч пар праймеров, то есть в сумме всего до 25 тысяч праймеров. Если подбирать эти праймеры вручную, максимальное их число – около 30.
Итак, изначально пользователю доступна ДНК или РНК. Если у нас РНК, ее с помощью обратной транскрипции переводят в кДНК. После этого нужно амплифицировать мишени, которые в результате требуется прочитать.
После их амплификации к мишеням нужно «пришить» адаптеры, или индексы и адаптеры, и отправить на сиквенс.
Полная версия статьи доступна на сайте Диаэм
