Как ни странно, свои знаменитые лекции, которые привели к вере многих слушателей, Сергей Аверинцев читал, когда сам еще даже не был крещен. Это таинство было совершено над ним только в 1973-м году. Он пришел к этому шагу осознанно, и крестился вместе с женой – в условиях строжайшей конспирации, на частной квартире. У всех, кто приходил принимать крещение в храм, в те годы требовали паспорт. Для супругов Аверинцевых это означало бы увольнение и волчий билет – верующие не должны были быть рядом со студентами, чтобы не оказывать «дурного влияния» на молодежь.
В 1980-м году Аверинцев защитил докторскую диссертацию. Когда она вышла в виде книги под названием "Поэтика ранней византийской литературы", ее тут же смели с полок магазинов, а на черном рынке стали продавать по тридцать рублей.
Митрополит Иларион (Алфеев):
Книга Аверинцева « Поэтика ранней византийской литературы» представляла перед советским читателем те тексты, которые были ему совершенно не известны и которые никогда не публиковались в советской печати. Например, Акафист. Акафист рассматривался как творение Романа Сладкопевца или какого-то неизвестного византийского автора, и Аверинцев с присущей ему эрудицией и с присущей ему тонкостью вскрывал не только смысловые пласты этого удивительного произведения, но и ту технику, при помощи которой оно было создано.
Еще один скандал с участием Сергея Аверинцева потряс научный мир страны Советов, когда он написал сразу несколько статей для пятого тома «Философской энциклопедии» - «Христианство», «Спасение», «Эсхатология». В первом варианте эти статьи вернулись от главного редактора в перечеркнутом виде и с подписью "поповщина". Но и в том виде, в каком их удалось опубликовать, эти энциклопедические статьи по сути были вдохновенной проповедью. За академической манерой изложения и подбором фактов просвечивались сокровенные чувства автора, его любовное отношение к предмету. И оно настолько не соответствовало генеральной линии партии в вопросах философии, что выпуск этого тома энциклопедии даже специально обсуждался в ЦК КПСС. Но формально придраться было не к чему: статья о христианстве была написана абсолютно научно, хотя и совершенно не по-советски. Богословские трактаты Аверинцева в советской энциклопедии стали таким ярким подвигом веры, что священник Виталий Боровой даже предлагал канонизировать Сергея Аверинцева за эти публикации. И действительно, в них впервые на страницах официального научного издания христианство рассматривалось не как пережиток прошлого, а как истинная вера, как спасительный путь для человека.
В конце 80-х христианство, наконец, смогло выйти из подполья, стали открываться храмы и люди пошли в церковь. Перевести богослужение с церковно-славянского на современный русский язык стало той глобальной задачей, за которую взялся Сергей Аверинцев в первые же годы свободы вероисповедания. Он продолжал работать в Институте мировой литературы Академии наук, переводил и комментировал книги, до тех пор совершенно неизвестные российским читателям. Но главное – он трудился над книгой книг, Библией. Аверинцев перевел на русский язык книгу Иова, синоптические евангелия и почти половину псалмов.
Он переводил священные тексты с особой чуткостью – причем, и к самому произведению, и к читателю. И такая чуткость могла быть только у глубоко верующего человека. Как говорили в научном сообществе, в те годы Аверинцев для многих коллег стал духовным мостом от классической филологии и от интеллигентского богоискательства к церковному православию.
Несмотря на болезненность и слабость, ученый каким-то чудом выдерживал колоссальные нагрузки, писал ночами напролет.
Евгения Смагина, филолог:
Он корсет носил, что-то у него было с позвоночником. А в более позднее время стал носить и слуховой аппарат. Я помню огорчилась, потому что мне казалось, что только очень старые люди носят его, но у него начались проблемы со слухом. В движениях некая стеснённость, такая неловкость. Да, видно было, что человек не очень здоровый. Но это ощущение пропадало, стоит только пообщаться и поговорить с ним, послушать его.
Из документального фильма "Проповедники. Сергей Аверинцев"