На сегодняшний день системы CRISPR разработаны для редактирования генов одного типа клеток за раз. Теперь была охарактеризована новая техника, которая может добавлять или изменять гены внутри сообщества многих различных видов одновременно, открывая дверь для идеи «редактирования сообщества». Систему можно использовать для редактирования и отслеживания - с использованием штрих-кода - отредактированных микробов в естественном сообществе, например, в кишечнике или на корнях растений, где собираются сотни или тысячи различных микробов.
Эта работа опубликована в журнале «Nature Microbiology» в статье «Редактирование генома, специфичного для видов и участков, в сложных бактериальных сообществах».
«Разрыв и изменение ДНК в изолированных микроорганизмах были важны для понимания того, что делает эта ДНК», - сказал Бенджамин Рубин, доктор философии, научный сотрудник лаборатории Дудна Калифорнийского университета в Беркли. «Эта работа помогает донести этот фундаментальный подход до микробных сообществ, которые гораздо лучше отражают то, как эти микробы живут и функционируют в природе».
Авторы пишут, что подавляющее большинство бактерий и архей остаются некультурными, «что исключает применение традиционных генетических методов к этим организмам и их взаимодействиям». В этой работе они характеризуют и подтверждают стратегию редактирования геномов конкретных организмов в микробных сообществах.
Команда сначала разработала подход, чтобы определить, какие микробы в сообществе восприимчивы к редактированию генов. Метод скрининга, называемый ET-seq (секвенирование трансформации окружающей среды), использует транспозон в качестве зонда, который легко случайным образом вставляется во многие микробные геномы.