Сюжетная модификация, где игроку предстоит выступить в роли агента под прикрытием для участия в секретной спецоперации, проводимой командованием. Кроме нового сюжетного наполнения, Боевая подготовка 3 приобрела расширенный оружейный пак, насчитывающий 161 модель вооружения, улучшенные системы модификаций, новые персонажи, мутанты и обновленную географию игровых уровней, насчитывающих около 57 локаций.
Проект стал прямым сюжетным продолжением ранее вышедшей модификации Боевая Подготовка 2. Однако, третья версия изменила игровой движок и построена на базе Call of Chernobyl и аддона CoC OpmizShow 25 с использованием скриптовых наработок от Shkiper2012.
Прохождение сюжета возможно при игре за все группировки, кроме группировок Бандиты, Монолит и Зомбированные. Главный герой — офицер войск специального назначения с позывным 027. После операции "Контроль" и Большого Взрыва, агент остался в зоне для её более детального изучения. После большого взрыва появилось много новых территорий, расконсервированных Зоной. Основной задачей агента 027 является сбор информации о группировках, их целях и по возможности, ликвидация ключевых фигур группировок, учёных, незаконных научных лабораторий и вывода на них подразделений зачистки и изъятия оборудования с документацией, используемых в преступных целях.
У агента есть руководитель - куратор. В ходе выполнения миссий он выдаёт очередное задание, которое на данный момент наиболее актуально. Связь с куратором осуществляется по рации или личных встречах. При гибели куратора через небольшой промежуток времени прибудет новый, его необходимо дождаться. Его первое сообщение вначале игры - это место, куда надо прибыть для получения задания. Часть заданий куратор будет выдавать по каналу ПДА, поэтому внимательно читайте сообщения, задания повторяться не будут. Если куратора убили, в точку встречи прибудет новый, зачищайте местность, чтобы его не подстрелили при подходе, и следите за сообщениями. Сюжет заканчивается, когда после выполнения всех заданий Куратора, он информирует Вас о выполнении задания и завершении операции. Далее играть можно без ограничений в режиме фриплей.
