Новый способ для проверки эффективности лекарственных средств от коронавируса предложили ученые ЮУрГУ. По мнению исследователей, ориентироваться нужно на максимальное совпадение лиганда (химического соединения, оказывающего фармакологическое действие) и рецептора, то есть РНК-полимеразы. Она копирует генетический материал вируса, и так он распространяется по организму.
«Структуры должны максимально подходить друг к другу, в нашем случае – чтобы исключить взаимодействие РНК-полимеразы вируса с ДНК человека. Наши коллеги, ведущие исследования по той же теме, ориентируются на энергию взаимодействия. Однако соответствие электронной структуры лиганда электронной структуре РНК-зависимой РНК-полимеразе важнее», – сообщил кандидат химических наук, начальник НИЛ компьютерного моделирования лекарственных средств Владимир Потёмкин.
Структуру РНК-полимеразы получили из Protein Data Bank – базы данных трехмерных структур белков и полимерных кислот. Исследователи рассчитали электронную плотность рецептора и лиганда фавипиравир-RTP. Это активная форма лекарства «Фивапиравир», используемого для лечения вирусных инфекций. Следующим шагом стал анализ пересечения электронных облаков лиганда и рецептора. Используемые для компьютерного анализа программы были созданы в ЮУрГУ.
По результатам исследования, максимальную комплементарность зафиксировали, когда лиганд совпадал с РНК. Выводы можно использовать для прогнозирования биологической активности и изучения механизма действия лекарств. Также в публикации ученые представили уравнение, с помощью которого можно проверить эффективность воздействиях других лигандов на рецепторы.
Результаты работы опубликованы в высокорейтинговом журнале «Molecules» (Q1).
