Сюжет - В будущем на Земле истощились запасы полезных ископаемых, и человечество перенесло их добычу на другие планеты. Этим занимается корпорация Concordance Extraction Corporation (C.E.C.), которой для этой цели были созданы специальные космические корабли, «планетарные потрошители», способные перерабатывать планеты в ресурсы. Помимо этого, большой размах получила новая религия, юнитология, члены которой верят в перерождение после смерти. Действие игры происходит в 2507 году, когда от одного из таких кораблей, USG «Ишимура», добывающего полезные ископаемые на планете Эгида VII, поступает сигнал бедствия, и C.E.C. высылает туда шаттл «Келлион» для выяснения обстоятельств. При попытке стыковки, шаттл терпит крушение, и вся его команда оказывается на «Ишимуре», которая, как оказалось, имеет серьезные повреждения. Неожиданно на них нападают агрессивные создания, напоминающие ожившие человеческие трупы, которые убивают двух членов команды, оставив в живых только трёх человек: старшего офицера Зака Хэммонда, техника Айзека Кларка и специалиста по компьютерным системам Кендру Дэниэлс. Они пытаются починить шаттл, но он взрывается, и принимается решение восстановить работоспособность «Ишимуры»
Геймплей - Игрок управляет главным персонажем игры, Айзеком Кларком, от третьего лица. В игре нельзя делать обычные прыжки и как-либо слезать с обрывов или уступов; частично это возможно в местах с невесомостью. На задней стороне скафандра Айзека находятся индикаторы «здоровья» и стазис-заряда, а при вхождении в безвоздушное пространство появляется индикатор запаса кислородного баллона. Эти индикаторы являются частью ИКСа (RIG), внутреннего ИИ скафандра.
В рукопашном бою игрок может использовать удары рукой и ногой (невозможно без наличия у Вас оружия) : удар ногой является сильным топом по полу, рукой же игрок производит хук. Также с помощью ударов можно ломать ящики, в которых могут находится различные полезные предметы. В игре присутствует различное оружие, часть которого является инструментами для горнорабочих. Прицел и индикатор текущего количества патронов в оружии в обычном состоянии отсутствует, но они активируются после перехода в режим прицеливания, в котором камера «прыгает» за плечо персонажа. Кроме того, игрок может использовать в бою и в других случаях стазис и кинезис-модули. Первый позволяет на некоторое время замедлить движущиеся объекты, например, некроморфов или быстро вращающийся вентилятор. На работу стазис-модуля расходуется заряд, который можно восполнять. Кинезис-модуль позволяет притягивать, удерживать и бросать от себя различные предметы и не требует какой-либо подзарядки.
В игре есть зоны с отсутствующей гравитацией и зоны в разгерметизированных отсеках корабля. В зонах без гравитации у Айзека включаются магниты на сапогах, что позволяет ему перемещаться обычным способом. Однако, он может на время отключить их и совершить прыжок в каком-либо направлении, переместившись, например, на потолок или боковую стену. Для прохождения разгерметизированных зон необходим запас кислорода; Айзек может запасаться несколькими баллонами с ним. В некоторых таких зонах присутствуют стационарные неограниченные источники кислорода. Запаса хватает только на определённое время, и если кислород закончится, то Айзек умрёт. В вакууме звуковые волны не распространяются и окружающие звуки в этих моментах отсутствуют, за исключением глухих ударов по скафандру. Также в игре практически нет заставок — все кат-сцены интерактивны. Присутствуют «верстаки» и «магазины», в которых можно улучшать, закупать и продавать снаряжение. Также снаряжение есть в некоторых ящиках, шкафчиках и трупах поверженных противников.
Музыкальное сопровождение игры может меняться в зависимости от обстоятельств, например, при виде противника или в опасных местах. Сам Айзек не разговаривает и обычно молчит, лишь изредка ругаясь и вскрикивая.
