В конце 2000 года в Комарёво была создана православная община. На месте разрушенного храма проведены археологические раскопки, под руководством коломенского археолога Алексея Борисовича Мазурова найден фундамент старого алтаря.
В 2001 году рядом с местом разрушенного храма построена деревянная храм-часовня во имя святителя Николая Чудотворца.
22 июня 2002 года на нее был водружен купол и начато строительство алтарной части. Позже храм был обложен кирпичом.
24 апреля 2010 года великое освящение храма совершил архиепископ Можайский Григорий (Чирков).
Первое же упоминание о "Комареве с берегом" встречается в 1389 году в завещании святого благоверного князя Димитрия Донского. В селении была деревянная церковь во имя святителя Николая Чудотворца.
В 1864 году местные священнослужители, а также церковный староста и прихожане обращаются к митрополиту Московскому и Коломенскому Филарету (Дроздову) с прошением благословить их на построение в Комареве новой каменной церкви.
Сооружение храма и его отделку приняли на свое иждивение и полную ответственность крестьяне деревни Болотово Илларион, Георгий и Алексей Митрофановичи Волковы.
В 1868 году строительство храма было завершено. Был построен каменный однокупольный трехпрестольный храм в псевдорусском стиле с колокольней. Боковые приделы были освящены во имя святителя Митрофана Воронежского и преподобного Сергия Радонежского. Во время строительства храма в ближайшем колодце постоянно освящали воду, и он получил название "Святой колодец".
В мае 1941 года Никольский храм был взорван под предлогом добычи кирпича для постройки школы. Долгие годы на его месте оставался лишь котлован, заросший бурьяном.
