Как известно, каждая из таксономических единиц живого мира (царства, типы, классы, отряды) укладывается в основной структурный план, и промежуточных форм очень мало. Где же недостающие звенья между этими разрозненными единицами?
Для слова: «переходная форма» слово: «недостающее звено» является синонимом.
Здесь нетрудно связать, что я имею в виду переходные (промежуточные) и вымершие формы (животных), между отдельными группами позвоночных и прочее. Такие «формы» имеют часть характеристик одного, более старого вида, и часть характеристик другого, более молодого. Таких животных трудно изучать, реконструировать, характеризовать, потому что в наши дни они не встречаются, а об их существовании мы узнаем из окаменелостей.
Первое упоминание о существовании таких форм было написано и предположено Дарвином («О происхождении видов»). Уже после появления теории Дарвина в Баварии (Германия) был обнаружен и описан знаменитый экземпляр Archeopteryx lithographica (протоптица). Он был обнаружен в юрской литографической сланцевой шахте недалеко от Зольнхофена (Бавария) в 1861 году. Он был размером с крупного голубя или маленькую курицу, имел удлиненный рот с зубами (признак рептилий), передние конечности с 3 длинными и заостренными пальцами, длинный сложенный из множества позвонков хвост (рептильный признак). Особенности птицы включают в себя: что она была частично покрыта перьями, а частично покрыта чешуей.
Сам Дарвин задавался этим вопросом:
...если виды возникли из других видов путем незначительных, постепенных изменений, то почему мы не видим повсюду множество переходных форм? Почему вся природа не хаос форм, а виды, как мы видим, точно определенные?
Его ответом стала «теория вымирания» — логический эквивалент «выживания наиболее приспособленных».
Дарвин признавал, что состояние ископаемых свидетельств было «самым серьезным возражением, которое можно было выдвинуть против его теории».
Дарвин настаивал на том, что число переходных форм должно быть «невообразимо» много. Возможно, доказательств их существования не было в 1859 году, когда была исследована лишь небольшая часть ископаемых пластов мира, и исследователи не знали, что искать. Но затем палеонтологи взяли дарвинизм в качестве рабочей гипотезы и изучили множество новых пластов окаменелостей, так что можно было бы ожидать сильно измененную форму летописи окаменелостей, и измененную в соответствии с предсказаниями Дарвина. В любом случае аргумент о несовершенстве летописи окаменелостей устарел.