Инквизиция была создана ещё во времена Ереси Хоруса. Личности двенадцати самых первых инквизиторов, представших пред Императором, никогда не были объявлены, известно только, что среди них были Сестра Безмолвия Амендера Кендел и итератор Кирилл Зиндерманн. Инквизиция подотчётна напрямую Императору, а потому может спокойно игнорировать приказы любых органов власти и пользоваться практически любыми ресурсами: от взвода штурмовиков до линейного флота сектора. Астартес, тем не менее, могут послать инквизитора куда подальше и ничего ты им не сделаешь, у них политический вес не меньше. Выручают только хорошие связи в нужных орденах. Если после выполнения миссии что-то из затребованного инквизитором всё ещё цело, скорее всего это «что-то» никто уже не вернёт. Таким образом, бывший взвод штурмовиков плавно превращается в десяток командос на постоянной службе инквизитора. Сами штурмовики в принципе всем довольны — и служба почётней, и оружие дают такое, что их прежним коллегам и не снилось.
На низовом уровне Инквизиция представлена множеством рядовых инквизиторов, у каждого из которых имеется собственный штат аколитов, агентов и дознавателей — от нескольких человек до десятков тысяч. Как правило, все инквизиторы отдельного сектора состоят в Конклаве, возглавляемом Лордом-Инквизитором, который, тем не менее, просто первый среди равных и абсолютной власти над сотоварищами не имеет.
Частенько, помимо Конклавов, инквизиторы также создают кабалы — небольшие группы единомышленников (или не очень) для решения определённой задачи. Кабал может существовать тысячелетиями и превратиться в Ордос, а может распасться за пару лет.