Мечеть Бакр-бабы расположена рядом с археологическим парком Ат Междан в Стари Граде, на левом берегу реки Милячки, немного восточнее Чумурийского моста.
Первоначальная мечеть в этом месте была построена как вакф известного сараевского купца Хаджи Алия Бакр-баба еще в 1544 году, поэтому мечеть была названа в его честь - Бакр-баба.
Это здание было в то время одним из самых красивых и больших мечетей Сараево, с минаретом высотой около 30 метров.
Когда Евгений Савойский в октябре 1697 года разграбил и сжег сараевскую мечеть, огонь охватил и ее.
Около 1700 года на том же месте была построена новая мечеть, которая впоследствии сгорела, после чего была восстановлена жителями близлежащей деревни.
В 1741 или 1742 году Хаджи Исмаил Мисрия построил медресе с восточной стороны двора мечети, а вскоре после этого Абдулла-Эффенди Кантамирия построил библиотеку, так что в конце 18 века территория вокруг мечеть стала важным образовательным и культурным центром.
В начале 19 века этот район утратил свое значение, и приход австро-венгерских властей встретил мечеть Бакр-бабы и стоявшие рядом постройки в разрушенном и запущенном состоянии.
Сразу после австро-венгерской оккупации мечеть Бакра Бабы была превращена в военный склад, а в 1895 году снесена вместе со зданием школы. Место, где она располагалась, было стерто с лица земли и превращено в часть парка Ат Мейдан .
Лишь в середине 2000-х годов по инициативе видного исламоведа Хаджи Хафиза Халида эфа Хаджимулич начались раскопки археологических остатков мечети и сопутствующих построек.
На раскопанном фундаменте мечети Бакр-баба по проекту архитектора Муфида Гарибиджи была построена мечеть меньшего размера в современном духе, которая была официально открыта 27 июня 2011 года .
В интерьере мечети Бакр-баба установлена самая длинная в Европе левха, высеченная в камне, длиной 45 метров, состоящая из каменных плит весом по 50 килограммов каждая, на которых написаны части Нур Дуа.
Инициатором производства этой левхи был Халид эф. Хаджимулич, последнее пристанище которого находится под башенкой, расположенной недалеко от входа в мечеть Бакр-баба.