В отличие от других храмов Ивановской горки, церковь во имя святых апостолов Петра и Павла, что у Яузских ворот, со времени её постройки и до наших дней не закрывалась.
Место расположения церкви - на высоком берегу речки Яузы, у впадения в Москву-реку, - отразилась и в её старом названии: "Петра и Павла Высокого, что на горке". Время её основания неизвестно. Клировые ведомости называют только дату постройки первого каменного храма - 1631-32 годы. Это дата не имеет документальных подтверждений, однако Строельная книга 1657 говорит, что в середине XVII века храм действительно был каменным.
От первой половины XVII века сохранилась лишь древняя храмовая святыня, которая хранилась на горнем месте в алтаре Петропавловского предела, утроенного после возведения нового каменного храма в 1702 году, - запрестольная икона "Проповедь святых Апостолов" 1642 года (вклад дьяка Петра Стеншина). Для этой же церкви царским изографом Симоном Ушаковым была написана икона Владимирской Божьей Матери, которая датируется по надписи 1665 годом.
Упомянутая выше Строельная книга 1657 года содержит следующее описание храма: "Церковь каменная Петра и Павла, что у Яузских ворот, на горе, под церковью земли кладбища мерою длиннику 32 сажени, поперек 17 сажен, в другом поперешнике 8 сажен и то кладбище в поперешнике тесно и порозжих мест нет".
Запись о церкви содержит и Писцовая книга 1679 года, которая перечисляет и причт храма.
Сведений о причине перестройке каменной Петропавловской церкви в источниках нет. Новый храм строили по благословлению Патриарха Адриана в 1700-02 годах. Главный его престол был освящён в честь иконы Божьей Матери "Знамение", а для старого престола во имя апостолов Петра и Павла с северной стороны устроили особый тёплый (зимний) придел. В храмозданной грамоте, датированной 16 июля 1700 года говорится: "поп Диомид с причетниками били челом о позволении вместо старого и во многих местах с рассединами храма, разобрав, построить церковь Знамения Божией Матери и придел во имя Апостолов Петра и Павла". Ктиторами и храмоздателями новой церкви были прихожане из рода дворян Еропкиных и Колычевых.
Архитектура нового каменного храма типична для эпохи "московского барокко". Это церковь с традиционной осевой композицией, с главным объёмом, относящимся к типу "восьмерик на четверике", с трёхчастным алтарём, небольшой трапезной и невысокой колокольней. Кованый крест на главе был с цепями и короной. Белокаменные украшения фасадов - полуколонны на углах, характерный рисунок наличников, порталы входов - также типичны для того времени.
Сведение об устройстве Казанского придела сохранились в надписе на белокаменной плите: "...сей придел Казанской Пресвятой Богородицы состроен в 1731 году июня 4 дня и освящен в оном году в декабре 16-го по обещанию для поминовения родителей своих майора Богдановского жены Семенова сына Колычева вдовою Анной Никифоровою".
Во время проверки церковного имущества в 1745 году выявилась нехватка некоторых драгоценных украшений, в большинстве своём жемчуга с убрусов чтимых икон, серебряных сосудов, части привесов к иконам и богослужебных книг. По оговору Ваньки Каина был схвачен церковный сторож Сидор Семенов, но по просьбе прихожан он был отпущен. Настоящего вора так и не нашли.
В 1748 году храм сильно пострадал от пожара, но средствами прихожан был восстановлен.
В 1812 году зданию храма удалось практически безболезненно пережить мародёрство (настоятель спрятал ценные вещи под полом в алтаре), однако дома священников и церковные постройки сгорели.
В 1874 году по высочайшему повелению сербам была дарована под подворье церковь святых Кира и Иоанна на Солянке и находящиеся при ней здания, однако в 1918 году подворье было ликвидировано советской властью, а сама церковь в 1933 году разрушена.
Подворье Сербской Православной Церкви было возрождено 17 июля 1948 года в храме Петра и Павла по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия I в ходе торжеств по случаю 500-летия автокефалии Русской Православной Церкви. Однако подворье так и не смогло начать свою деятельность.
В 1999 году, согласно указу Патриарха Алексия II, храм Петра и Павла был преобразован в Патриаршее подворье, при котором было вновь открыто представительство Сербской Православной Церкви.
