Одним из первых писателей-фантастов, использовавших в своём творчестве альтернативную версию христианства, был классик жанра — Герберт Уэллс. В утопическом романе «Люди как боги» в разговоре с жителями параллельного мира упоминается религия, очень похожая на христианство. Вся разница заключалась в том, что мессию казнили на столбе, а не кресте, поэтому священный символ имеет другую форму, но суть осталась той же.
Один из самых ранних текстов про иную версию христианства принадлежит К.С. Льюису. В фантастическом романе «Переландра» главный герой оказывается на Венере, где разворачивается драма, идентичная истории Адама и Евы. Благодаря вмешательству главного героя, история местного человечества с самого начала идёт по совершенно иному пути, поскольку венерианские прародители людей не вкушают библейское яблоко, а злу удаётся дать отпор.
После появления ядерного оружия бурным цветом расцвёл жанр постапокалиптики. Некоторые авторы описывали в том числе и трансформацию религии, которая произойдёт после наступившего в результате глобальной термоядерной войны Конца Света. Самый первый роман, посвящённый данной тематике, до сих пор остаётся одним из лучших. Он вышел в 1959 году в США, его автор Уолтер М. Миллер-младший. Книга «Страсти по Лейбовицу» (в других переводах «Гимн Лейбовичу», «Гимн Лейбовицу», «Кантата на смерть Лейбовица», в английском оригинале — «A Canticle for Leibowitz») живописует историю монаха, посвятившего свою жизнь сохранению памяти о достижениях человечества до наступления Армагеддона.
Ещё один автор, описывавший постапокалиптический мир, в котором религия играет важную роль, тоже американец. В 1973 году Стерлинг Ланье закончил роман «Путешествие Иеро», действие которого происходит в седьмом тысячелетии, через 5 тысяч лет после ядерной войны. Природа сильно изменилась, из-за мутаций появились другие разумные расы, уровень развития человечества опустился до средневекового. Главный герой жил в одном из аббатств на территории Канды (бывшая Канада), пока не отправился в трудное и опасное путешествие — на поиски потерянных знаний, необходимых для спасения людей от угрожающих им тёмных сил.
Впрочем, будущее христианства не всегда рассматривалось в позитивном ключе. У Филипа Фармера в цикле «Церкводарство» (в другом переводе «Госуцеркство») в будущем государство сливается с церковью и правит железной рукой. В повести Роберта Хайнлайна «Если это будет продолжаться...» власть в стране захватила тоталитарная секта, похожая на одну из церквей американских протестантов харизматического толка. Наконец, у Роджера Желязны в романе «Князь Света» (другой перевод называется «Бог света») на планете, руководящая элита которой изображает индийских богов, действует Ниритти Чёрный — христианский фанатик, использующий для своих крестовых походов армии живых мертвецов.
Изредка фантасты пробуют изобразить альтернативного Иисуса. Что было бы, если бы Христос применил свои божественные возможности для убеждения неверующих? Ответ на этот вопрос попытался дать российский писатель Сергей Лукьяненко в дилогии «Искатели неба». А если бы Христос не дал себя убить, а напротив: «Сошел с креста, чтобы покарать всех неверующих и утопить зло в его же крови»? В таком мире живут герои цикла романов «Огонь и крест» польского писателя Яцека Пекары, пишущего книги в жанре тёмного фэнтези.
Ещё более масштабная религиозная альтернатива показана английским фантастом Филипом Пулманом в цикле книг «Тёмные начала». Автор живописует гностическую картину мира, в которой недоброму Творцу противостоит благой ангел Азриэл. По жанру эти произведения относятся к технофэнтези. «Золотой компас», первый роман из этого цикла, был экранизирован в 2007 году.
Есть и такие авторы, которые описывают альтернативы не христианству как таковому, а истории церкви. К примеру, у Надежды Поповой в цикле «Конгрегация» главным героем является инквизитор Курт Гессе. Но инквизиция в этих романах существенно отличается от привычного образа. «Молот ведьм» запрещён и признан еретической книгой, а отцы-инквизиторы по мере своих сил спасают людей от вполне реального сверхъестественного зла. Можно сказать, что в романах Поповой изображена позитивная альтернатива европейскому Средневековью.