Чтобы зафиксировать отсутствие работника на рабочем месте обычно используют акт, а также, если установлена система входа-выхода, ее данные. Составляется докладная записка.
Если рассматриваем прогул, отсутствие на работе отражается в табеле учета рабочего времени.
До того как зафиксировать отсутствие работника на рабочем месте, просмотрите документы, регулирующие рабочее время работника, например трудовой договор, правила внутреннего трудового распорядка (ч. 2 ст. 57, ч. 1 ст. 100, ч. 4 ст. 189 ТК РФ). Убедитесь, что работник ознакомлен с указанными документами под подпись, рабочее время прописано правильно. В противном случае будет сложно доказать вину работника в прогуле и законность применения к нему взыскания.