Туркестанское генерал-губернаторство было образовано в июле 1867 года.
Край подчинялся Военному министру, а гражданские власти были представлены местными учреждениями имперских министерств.
Это двоевластие стало основной проблемой в управлении края, так как два центра власти (военные и гражданские) практически не подчинялись друг другу. Обстановку усугубляло наличие двух полузависимых протекторатов - Бухарского эмирата и Хивинского ханства.
При генерал-губернаторе края (назначался императором) находился Совет, чиновники особых поручений, переводчики и канцелярия. Управление областями возлагалось на военных губернаторов. Уездами в составе областей управляли уездные начальники, имевшие в штате помощника и канцелярию - монография М.Шушковой РЕФОРМА УПРАВЛЕНИЯ ТУРКЕСТАНСКИМ КРАЕМ В НАЧАЛЕ XX В. : РАЗНОГЛАСИЯ МЕЖДУ С. -ПЕТЕРБУРГОМ И ТАШКЕНТОМ
Низшей административной единицей была волость во главе с выборным волостным. Им подчинялись старшины-аксакалы в оседлых поселениях, а в кочевых районах аульные старшины.
В системе управления Туркестанского края не было четкой иерархической структуры. Все местные учреждения не были обязаны проводить свои решения через канцелярию генерал-губернатора и вследствие этого в руководстве царил хаос. Генерал-губернатор не знал чем занимаются другие учреждения, которые также не могли рассчитывать на его содействие в своих мероприятиях.
Именно этот бардак и привел в конце-концов к Среднеазиатскому восстанию 1916 года, которое повлекло за собой многочисленные жертвы.
В начале 20 века Переселенческое управление МВД Российской империи начало засылать переселенческие партии в Туркестанский край.
Эти партии не согласовываясь с местным генерал-губернаторством начали самостоятельно заниматься распределением лучших земельных участков в пользу переселенцев. На претензии канцелярии генерал-губернатора, которое начало принимать заявления от местного населения о самовольстве и самоуправстве чиновников переселенческих партий последние отвечали отпиской.
Это начало вызывать недовольство населения и породило предложение канцелярии генерал-губернатора в столицу Санкт-Петербург о выделении средств на орошение земель, что увеличило бы количество земель. И тогда ее хватило бы на всех - и переселенцев и местных жителей (среди которых были и русские, армяне, греки и многие другие национальности, которые переехали раньше).
Но переселенческие партии стояли на своем, переселенцы прибывали все больше и Туркестанское генерал-губернаторство настояв на своем добилось того, что в 1908 году Туркестанский край был полностью закрыт для переселенцев.
Однако все-таки переселенцы, которые уже получили земли от МВД остались на своих землях, что в дальнейшем и стало причиной восстания.
Край закрыли от переселенцев, но к сожалению не от чиновников.
Ведомства и местные учреждения продолжали вести разрозненную административную деятельность, что породило большое недоверие к власти со стороны местного населения. Они четко видели несогласованные действия между военными и штатскими чиновниками, их постоянную волокиту, вызванную отсутствием единоначалия.
Особенно это вредило престижу в вопросах водопользования, так как в соответствии со статьей 256 "Положения о Туркестанском крае" водопользование происходило по местным обычаям.
Пользуясь этим жители верховий водоемов активно брали воду для орошения, в результате чего жителям низовий уже воды не хватало. Особенно в летний период. Жалобы жителей низовий в канцелярию генерал-губернаторства оставались без ответа.
Указанная ситуация привела к развалу централизованной власти в Туркестанском крае, где существовало множество различных местных учреждений, практически не подчинявшихся генерал-губернатору. Также свою лепту в административный бардак вносило и наличие полунезависимых Хивинского ханства и Бухарского эмирата.
