За 20 лет без больших потерь империя приросла территорией, сравнимой с Сибирью или Украиной. Она утёрла нос Англии и обрела источник постоянной головной боли.
Россия издавна засматривалась на мусульманские страны, лежавшие за огромными степями к югу от Уральских гор. Бухару, Самарканд, Коканд и Хиву часто посещали русские купцы. Торговцы из среднеазиатских государств были постоянными гостями на русских ярмарках. От слухов о сказочных богатствах экзотических стран, скрывавшихся за степями и пустынями, загорались глаза у многих россиян.
В июне 1717 года четырехтысячное войско Бековича двинулось из Гурьева в сторону Хивы. Через месяц русские добрались до урочища Карагач, где путь им преградила хивинская армия, в шесть раз превышавшая силы вторжения. Завязался трехдневный бой, который показал разницу в классе между азиатской ордой и русской армией, уже имевшей за плечами победы над Швецией. Бекович потерял не более десятка солдат и казаков, а хивинцы, согласно его донесению, оставили на поле боя более тысячи трупов.
Бекович вошел в Хиву, где хан начал мирные переговоры. Однако, под предлогом того, что Хива неспособна прокормить весь русский корпус, хан попросил разделить войско на пять частей и отправить их на постой в пять разных городов. Наивный Бекович согласился. Как только части русской армии отошли от Хивы вёрст на сто, на них накинулись поджидавшие в засадах туземцы. Большую часть русских перерезали, остальных продали в рабство.
К середине XIX века Россия стала уделять среднеазиатскому вопросу всё больше внимания. Россия была заинтересована в Средней Азии прежде всего как в рынке сбыта своих товаров. Например, русский металл с трудом мог выдерживать конкуренцию в Европе, и 60% выплавляемого железа отправлялось на юг и восток. С юга в Россию везли хлопок — необходимое сырье для русской текстильной промышленности.
В ХIХ веке в Среднюю Азию активно старались проникнуть англичане. Они, так же заинтересованные в новых рынках сбыта, действовали с юга, из Британской Индии. На рынках Коканда, Хивы и Бухары появились множество английских товаров. Власти этих государств явно симпатизировали британским торговцам: их облагали меньшими пошлинами, чем русских купцов. Российское правительство не видело другого способа изменить создавшееся положение кроме силового решения проблемы.
В 1853 году Перовский вновь двинулся на юг. Штурмом была взята крупная кокандская крепость Ак-Мечеть (ныне Кызыл-Орда). В следующем году в Семиречье Перовский основал форт Верный (ныне Алма-Ата), который собирался сделать опорным пунктом для завоевания Коканда.
Следующий этап борьбы за Среднюю Азию начался в мае 1864 года, когда отряды полковников Веревкина и Черняева с двух сторон вторглись в пределы Кокандского ханства. 9 мая 1865 года произошло сражение, в котором погиб кокандский хан, а его войско было разбито. Развивая успех, Черняев сходу начал штурм Ташкента. После двухдневных уличных боев городские власти выразили готовность полностью подчиниться императору Александру II. В том же году Ташкент и большая часть территории Кокандского ханства стали частью Российской империи.
В марте 1868 года обозленный бухарский эмир объявил России священную войну — газават. Начались нападения на русские пограничные посты. 2 июня на холмах Зирбулак произошло решающее сражение, после которого бухарская армия перестала существовать. Через пару недель эмир Музафар заключил с Россией мирный договор. Он признал вассальную зависимость от России, обязался выплатить контрибуцию в полмиллиона рублей и отдал города Ходжент, Ура-Тюбе и Джизак.
Последним независимым государством в Средней Азии осталось Хивинское ханство. В 1873 году русские добрались и до него. В феврале 12 тысяч солдат под командованием генерала Кауфмана двинулись через пески к Хиве. Плохо вооруженная хивинская армия достойного сопротивления не оказывала. 26 мая русские подошли к стенам Хивы. После трехдневного штурма город пал.
Непокоренными в Средней Азии остались только туркменские племена, населявшие оазисы в закаспийских пустынях и не имевшие централизованной власти. На их территории зарилась Англия, активно поддерживавшая туркменов и текинцев, живших в основном грабежом соседних областей.
Новую ахалтекинскую экспедицию возглавил генерал Михаил Скобелев, герой только что закончившейся войны с турками на Балканах. Русские войска вновь подошли к Геок-Тепе в декабре 1880 года. Английские агенты распространяли среди текинцев слухи, будто русские идут только для того, чтобы обесчестить всех жен и дочерей защитников крепости. В мае 1881 года Ахалтекинский оазис превратился в Закаспийскую область с центром в Асхабаде. В январе 1884 года жители Мерва приняли решение вступить в российское подданство и 31 января в Асхабаде их представители принесли присягу императору Александру III. Завоевание Средней Азии завершилось.
Бухарский эмират и Хивинское ханство оставались внутри Туркестана формально независимыми анклавами. Русское правительство не спешило ликвидировать эти монархии, считая вполне достаточной их вассальную зависимость. «Лучший начальник уезда у меня — эмир Бухарский», — говорил Кауфман.
