После завоевания Перу испанцами, мятежный Инка Манко Капак II тайно бежал из Куско и поселился на северо-западе от Ольянтайтамбо в глубине джунглей, где он основал город под названием Vilkabamba.
После многих лет борьбы с инками, в 1572 году после испанского нападения на Vilkabamba Инка Тупак Амару (преемник и сводный брат Манко) вернулся в Куско, где он был казнен.
Со временем, место заброшенного города Vilkabamba забыто. Он упоминается в некоторых не совсем точных картах и испанских хрониках.
Хайрам Бингем, доктор философии и истории в Йельском университете, остается очарован инками, археологией и историей о потерянных городах после своего первого визита в Перу в 1909 году.
В 1911 году он вернулся в экспедицию в джунгли, к долине Урубамбы в поисках потерянных городов. На основе прочитанных испанских рукописей в Лиме, Бингем был убежден, что потерянный город, руины инков и, возможно, их сказочные сокровища находятся где-то в этой части Перу. Почти сразу же, группа обнаруживает один из самых важных для инков артефактов, которые они назвали Льяктапат.
Заброшенный большинством группы, Бингем взобрался на крутую гору, где он встретил двух местных жителей, которые указали и помогли отыскать город. Бингем полагал, что он нашел последний оплот восставших инков и Vilkabamba наконец будет учтен историками. Это «открытие» остается без ответа в течение следующих 50 лет, пока ошибка Бингема не была подтверждена в 1964 году, когда историки и исследователи обнаружили, что большинство людей согласны с тем, что истинные руины Vilkabamba находятся дальше, более 4 или 5 дней пешего ходу дальше в джунгли.
Но вернемся к Бингему, который искал Vilkabamba, а нашел Мачу-Пикчу, чтобы начать расчистку руин растительности - работу , которая продолжалась три года. За это время они обнаружили многочисленные керамические изделия, каменные предметы и кость. В 1981 году на площади около 325 квадратных километров вокруг Мачу-Пикчу был объявлен историческим памятником перуанского правительства и получил статус мирового наследия ЮНЕСКО в 1983 году.
Тайна остается — если Мачу-Пикчу не был потерянный город Vilkabamba, то что он? Единственное правдоподобное объяснение состоит в том, что Мачу-Пикчу был оставлен до испанского вторжения, и что во время испанского завоевания инков никто не знал о его существовании.
Археологи считают, что стиль здания в Мачу-Пикчу является «поздним имперским», который был популярен во времена правления Pachakutek. И если на самом деле город был покинут до испанского вторжения, то это означает, что создание, строительство и оставление развивается в течение периода около 100 лет.
Строительство Мачу-Пикчу может быть связана с несколькими дополнительными целями одновременно - в качестве наблюдательного пункта на пути в Куско из Antisio или Amazonskiya бассейн, или защищенный источник кокаиновых плантаций, используемый во всех аспектах религии инков, в том числе жертвоприношениях, колдовстве и в медицине.
Имеющиеся данные свидетельствуют о том, что в Мачу Пикчу было построено около 200 домов с населением около 1000 человек.