История училища была неразрывно связана с эпохой становления военно-морского образования в СССР. 18 октября 1937 г. на основании Постановления Совета Народных Комиссаров было сформировано 3-е Военно-морское училище РККА. Одним из инициаторов создания военно-морского училища выступил Адмирал Флота Советского Союза Николай Герасимович Кузнецов. Уже через 3 месяца к приему курсантов были подготовлены первые учебные площади и инфраструктура, а командно-преподавательский состав был набран из командиров Тихоокеанского флота. К концу января 1938 г. 329 курсантов-первокурсников училища имени М.В. Фрунзе специальным поездом прибыли во Владивосток из Ленинграда.
5 мая 1939 г. 3-е ВМУ переименовано в Тихоокеанское военно-морское училище. А первые 97 выпускников - лейтенантов, младших лейтенантов и воентехников были выпущены в марте 1940 г. и к лету училище получило статус "высшего" и стало именоваться ТОВВМУ.
Во время ВОВ это училище оказалось единственным вне зоны боевых действий и готовило новых специалистов для фронта, получив Знамя Чести как символ воинской доблести и мужества. 21 апреля 1954 г. училищу было присвоено имя ученого вице-адмирала Степана Осиповича Макарова.
За историю существования из стен училища выпущено более 18 000 офицеров, из которых более 240 стали адмиралами, 16 выпускников и сотрудников получили звания Героя Советского Союза и России, а трое из них и вовсе стали Главнокомандующими ВМФ России.
В настоящее время ТОВВМУ им. Макарова является одной из основных баз военно-морского образования, обеспечивающих кадрами флот России и считается одним из лучших военно-морских вузов России.