Родоначальником древнего и многочисленного рода Еникеевых стал выходец из Ногайской Орды Еникей мурза Кульдяшев.В родословной мурз Еникеевых о нем сказано следующее:
«Откуда и в каком году он вышел в Россию и в какую службу вступил и сколько состояло за ним недвижимого имения, неизвестно, но известно, служил он по городу Темникову».
Есть сведения, что он был главой темниковских татар в Казани (1555) и воеводой в Темникове (1568).
У Еникея было пять сыновей: Терегул (уп. в 1575/76 г.), Алакай (уп. в 1575/76 г.), Идей (уп. в 1575/76 г.), Енбулат (?) и Иртуган (Ертуган) (уп. в 1575/76 г.). За свою ревностную службу и умение в воинском деле они получали земельные пожалования и крестьянские и бобыльские дворы. Потомки Еникея сына Кульдяша, приняв фамилию Еникеевых, продолжали службу.
В XVIII в. Еникеевы проживали в деревне Идеево Темниковского уезда Тамбовской губернии (ныне Республика Мордовия). Поселение получило название от Идея мурзы Еникеева, отсюда в основном и мигрировали представители рода мурз Еникеевых: в 1770-х гг. они решили перебраться на новое место и обосновались на берегу речушки Каргалы. Вот как описывает события, связанные с переселением своих далеких предков из Темникова, известный татарский писатель Амирхан Еники:
В Уфу и Белебеево были посланы ходоки, которые осмотрели эти места и выбрали землю на берегу маленькой речушки Каргалы. (Она впадает в Чермесан, указанную на карте Башкирии). Вдоль правого берега речки тянутся горы, а левый берег – просторный ровный луг, сплошь чернозем. “Слава Аллаху! “– сказали посланцы, – щедрая будет землица…“ Начались переговоры с башкирами, хозяевами земли. Два человека – Апсалям Киекбеев, имевший мельницу на Чермесане, и сотник Амирхан Халилов – взяли хлопоты на себя. Оба потомственные мурзы, имели право купить землю, а потому переговоры с башкирами вели они <…> в 1773 году двадцать хозяйств – четырнадцать Еникеевых и шесть Терегуловых – покинули веками обжитую землю и, погрузившись на телеги вместе с детьми и женами, погоняя скот, тронулись в путь…». Вытянувшийся вдоль реки Каргалы аул получил название Яңа Каргалы (Новые Каргалы), а в обыденном общении его называли Мурзинскими Каргалами (Морзалар Каргаласы).
В 1784 г. на основании указа Екатерины II мурзы Еникеевы начали хлопотать о восстановлении в дворянстве. В рапорте Оренбургской казенной палаты в Правительствующий Сенат сообщается о реализации Именного указа Павла I от 29 ноября 1796 г. об утверждении в дворянском звании и исключении по Уфимскому наместничеству из подушного оклада князей Янбулатовых, Яушевых, Акчуриных, Чанышевых, Дивеевых, Маминых, Маматкозиных, Бигловых, Еникеевых и Терегуловых.
Одна ветвь Еникеевых приняла крещение в конце XVII века, другая - доныне мусульманского вероисповедания. Род этот внесен в VI часть родословных книг Оренбургской, Пензенской, Саратовской, Тульской, Тамбовской и Уфимской губерний.
Древний благородный род мурз Еникеевых дал целую плеяду известных педагогов-просветителей, врачей, писателей и поэтов, общественных и религиозных деятелей. Среди них – депутат Государственной думы 3-го созыва от Казанской губернии и 4-го созыва от Оренбургской губернии, член мусульманской фракции, один из лидеров татарского национального движения Гайса Еникеев. Он был также известен как знаток татарского и башкирского фольклора. Ибатулла Еникеев – организатор русско-башкирского начального училища в деревне Новые Каргалы, в течение 27 лет он вел преподавательскую деятельность (начиная с 1886/87 учебного года). Среди воспитанников Ибатуллы Фахретдиновича были будущие учителя – «первооткрыватели школ в самых отдаленных и глухих уголках Башкирии»: Ильяс Еникеев, Исхак Еникеев, Гайса Терегулов и многие другие; видные деятели науки и культуры: доктор медицинских наук Г.Н.Терегулов, авторы учебников по русскому языку для башкирских и татарских школ Гильми Еникеев и Карима Еникеева-Чанышева и др.
Из рода мурз Еникеевых – татарский писатель и публицист Амирхан Еники.