Археологические исследования показали, что первым населением города Несебр были фракийцы. Изначально название, которое жители дали городу, звучало как Месембрия. В 510 г. до н.э. фракийское поселение было захвачено греческими переселенцами из Мегары, которые основали здесь свою колонию под тем же названием. Античный историк Римской Греции Страбон утверждал, что данное название является сочетанием имени Мены и фракийского слова «бровей», что означает город. В 493 г. до н.э. Несебр принял еще и переселенцев из Византии и Калхедона. Они опасались карательных мер персов после Ионийского восстания. Впоследствии город был разрушен мощным землетрясением. В результате этого ушла под воду почти половина полуострова, на котором располагалась Месембрия. Все разрушения были ликвидированы в короткий срок. К нашему времени уцелели городские ворота, построенные еще до землетрясения, а также развалины городских стен, акрополя (место первоначального поселения), агоры и домов городских жителей. В 71 г. до н.э. Месембрия оказалась под контролем Рима. После падения Римской империи город стал частью Византии.Памятником византийской империи является храм Святой Софии, расположенный в Константинополе. В 680 г. Месембрия стала епископским городом. В 811 году он был захвачен болгарским ханом-конунгом Крумом. Болгары называли Месембрию на свой лад — Несебр. На данный момент город носит такое название.