Церковь располагается в западной части Судака, рядом с Генуэзской крепостью, у подножья невысокой горы Палвани-Оба. Вблизи от святыни обнаруживаются Башня Фредерико Астагвера (1386 г.), санаторий «Сокол», один из пляжей города под крепостными стенами.
За свою долгую историю Храм Двенадцати Апостолов не единожды переживал взлеты и падения, подвергаясь то разрушениям, то