Вместе с двумя сестрами Эмилия с финансовой поддержкой брата в 1904 году открывает салон моды «Cёстры Флёге» в Casa Piccola — самом сердце текстильной индустрии Вены. Салон процветал и стал модным местом встреч дам из высшего общества. К 1914 году у них одевались большинство венских модниц. Клиентками были дамы из просвещенных кругов еврейских промышленников, которые заказывали портреты у Климта.
Дизайнерские модели Флёге назывались«реформаторскими платьями» и несли дух свободы, выражая новое представление о красоте в одежде. Освобождая женщин от тесных корсетов,вольнодумная кутюрье одевала дам в платья свободного покроя,подчеркивающих их женственность. Эмилия любила носить свои модели и часто в них позировала на природе,подчеркивая их элегантность и естественность.
Климт внес свою лепту в продвижение бизнеса Эмилии: он настойчиво рекомендовал своим клиентам салон подруги. Многие дамы с портретов художника одевались у «Сестёр Флёге». И даже позировали Климту в платьях Эмилии.
Альфред Вайдингер, специалист по творчеству Климта из галереи Бельведер, полагает, что в картине «Поцелуй» художник изобразил себя и Эмилию. Несмотря на то, что образы мужчины и женщины собирательны, этот романтический сюжет,действительно может рассказывать историю любви между двумя творцами. Замершие в самозабвении влюбленные, выйдя за пределы времени, они одни во вселенной.
В 1918 году Климт умер. Последние его слова были: «Эмилия должна прийти». После смерти художника Эмилия Флёге сожгла все письма, полученные от него,но сохранила нетронутой «комнату Климта» в Casa Piccalo, превратив ее в уютный музей, где хранились мольберт, одежда, рисунки и мебель художника.
ПЭмилия Флёге вела уединенный образ жизни. Она умерла в 1952 году, пережив художника на 34 года. Эмилия никогда не была замужем.