Монастырь был основан донной Морой Диаш в 1280 году для монахинь-клариссок. Монастырь просуществовал недолго, и в 1311 году он прекратил свое существование. В 1316 году жена короля Диниша I, королева Изабелла Португальская, восстановила этот монастырь.
Королеву Изабеллу Португальскую называли еще «Святой королевой» из-за ее исключительной набожности и праведности. Королева так же славилась своим добрым характером, основывала больницы, приюты и школы. После смерти своего мужа, короля Диниша, она удалилась в этот монастырь. А в 1336 году королева умерла и была похоронена в монастыре в гробнице, украшенной в готическом стиле. В 1626 году королева Изабелла была канонизирована за свое милосердие и добрые дела.
Первым архитектором монастыря был Домингош Домингуес, известный своей работой над галереями монастыря Алкобаса. Продолжил работу этого архитектора Эштевао Домингуес, который прославился своими работами над галереями Кафедрального собора в Лиссабоне. В 1330 году состоялось освящение храма, а чуть позже к южной части церкви был пристроен монастырь. Монастырю очень часто преподносились денежные пожертвования и дары. В начале XVI века церковь была украшена севильской плиткой и были установлены новые алтари.
Так как монастырь и церковь были построены на левом берегу реки Мондего, то уже через год здания были затоплены вышедшими из берегов водами реки. И на протяжении нескольких веков монастырь затапливался множество раз. Из-за частых наводнений в монастыре было невозможно находиться, и король Иоан IV приказал покинуть здание и переехать в новый монастырь - монастырь Санта Клара-а-Нова, построенный на холме недалеко от старого здания. Гробница с прахом королевы Изабеллы и других королевских персон была перенесены в новое здание.
Со временем старый монастырь превратился в руины. В 1910 году здание было занесено в список памятников национального значения, и некоторые реконструкционные работы были проведены в первой половине ХХ века.
