В некоторых сценариях в списке появляются (и потом исчезают) дополнительные раскладки, причем в языковых настройках они отсутствуют.
Часто это связано с подключением к удаленным ПК посредством RDC, причем на Hyper-V в режиме расширенного сеанса это тоже распространяется.
Лечится твиком реестра
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout]
"IgnoreRemoteKeyboardLayout"=dword:00000001
REG-файл в ZIP.