В середине славных для клуба 1920-х, «Барселона» начала страдать от неспортивных политических конфликтов, которыми будет отмечено не одно десятилетие истории клуба.
14 июня 1925 года толпа во время игры в честь хора «Каталанский Орфей» запела Королевский марш — официальный гимн Испанского королевства, отменённый при диктатуре Примо де Риверы. В отместку стадион «Барселоны» был закрыт властями на шесть месяцев (затем срок сократили до трёх), а Гампера вынудили отказаться от поста президента клуба. Основатель клуба покончил жизнь самоубийством 30 июля 1930 года в период депрессии, вызванной личными и денежными проблемами.
Хотя в команде по-прежнему было много хороших игроков, таких, как Хосеп Эскола, клуб вступил в период неудач, ибо политические конфликты в стране оттеснили спорт на второй план в глазах общества. «Барса» столкнулась с кризисом сразу на трёх фронтах: финансовом, социальном (количество членов клуба постоянно снижалось) и спортивном (хотя команда стабильно выигрывала первенства Каталонии (1930, 1931, 1932, 1934, 1936, 1938), но успех на всеиспанском уровне от них ускользал, за исключением победы в Средиземноморской Лиге в 1937 году, но это, впрочем, уже было военное время со всеми его особенностями).
6 августа 1936 года солдаты армии Франсиско Франко арестовали и убили президента клуба Хосепа Суньоля под Гвадаррамой. Летом 1937 года команда под руководством главного тренера Патрика О’Коннелла отправилась в турне по США и Мексике, где их считали посланцами Второй Испанской Республики. В это время в самой Испании полным ходом шла Гражданская война. Эта поездка улучшила финансовое положение клуба, однако после неё больше половины команды не вернулось в объятую огнём войны Испанию, оставшись в поисках убежища в Мексике и Франции.
16 марта 1938 года авиация сил Франко сбросила бомбу на социальный клуб «Барсы», нанеся большой ущерб. Несколько месяцев спустя город Барселона был оккупирован франкистами, и клуб, как символ «недисциплинированных» каталонских националистов, сталкивается с рядом серьёзных проблем. К тому времени количество членов клуба сократилось до 3486 человек.
Смена названия. Барселона в годы правления Франко (1939—1974)
По завершении Гражданской войны в условиях установившейся диктатуры Франко каталанский язык и флаг были запрещены (в рамках борьбы с сепаратизмом). Также футбольным клубам запретили использовать неиспаноязычные названия. В результате команда в 1941 году была вынуждена сменить название со старого, англоязычного Football Club Barcelona на «правильное» испанское Club de Fútbol Barcelona; под этим названием клуб будет существовать 33 года. Заодно из герба был изъят каталонский флаг.
В 1943 году на домашнем стадионе Лес-Кортс в первом полуфинальном матче Кубка Генералиссимуса (Copa del Generalísimo — так был переименован новой властью Кубок Испании, он же бывший Кубок Короля) команда победила мадридский «Реал» со счётом 3:0. Ответный матч мадридцы выиграли 11:1.
Несмотря на сложную политическую ситуацию, «Барселона» смогла достичь больших успехов в 1940-е и 1950-е годы. В 1945 году команда впервые с 1929 года выиграла чемпионат Испании, тренером победного состава был Хосеп Самитьер, за команду в то время выступали такие мастера, как Сесар Родригес, Антони Рамальетс и Хуан Веласко.
В 1948 и 1949 годах команда выиграла ещё два чемпионских титула. Также в 1949 был выигран Латинский кубок.
Под руководством тренера Фердинанда (Фернандо) Даучика и при наличии в составе Ладислао Кубалы, которого ряд специалистов считают лучшим игроком «Барсы» всех времён, в 1952 году команда взяла пять трофеев: чемпионат Испании, Кубок Испании (в то время официально именовавшийся Copa del Generalísimo, Кубок Генералиссимуса, то есть Франко), Латинский кубок, Суперкубок Испании («Кубок Эвы Дуарте», так он назывался в те годы в честь Эвы (Эвиты) Дуарте де Перон) и Кубок Мартини и Росси. В 1953 году команда сделала дубль, победив в чемпионате и Кубке Испании. В сезоне 1957 года была одержана ещё одна победа в Кубке Испании. В 1958 году был взят Кубок ярмарок.