В сети, и не только в сети имеется путаница в отношении того, что «расчеты по снипам» якобы «точнее», чем расчеты по мутациям в гаплотипах. Эта путаница пошла от попгенетика Балановского, который понятия не имел, о чем писал, в том числе и в его безграмотной книжке. На самом деле расчеты по снипам и по гаплотипам относятся к совершенно разным вещам, и поэтому не могут сравниваться по точности. Это почти все равно, что обсуждать, что точнее – микроскоп или телескоп.
Расчеты по снипам дают время образования определенного субклада. Расчеты по мутациям в гаплотипах дают время жизни общего предка носителей тех гаплотипов (конкретных людей). Например, берутся несколько гаплотипов, или сто гаплотипов, или тысячу, или любое другое их число, и расчеты показывают, когда жил их общий предок. Этот предок вовсе не обязательно был первым носителем данного снипа, или данного субклада. Так практически никогда не бывает. Поэтому датировки времени образования гаплогруппы или субклада почти всегда древнее, чем время жизни общего предка рассматриваемой группы гаплотипов. Ясно, что нет смысла сравнивать, «что точнее», эти датировки относятся к разным событиям.
Но ведя расчеты по мутациям в гаплотипах, всегда важно знать, к каким субкладам они относятся. Для правильных расчетов надо специально проверять, что все рассматриваемые гаплотипы действительно происходят от общего предка. В ДНК-генеалогии есть такие приемы. Иначе может получиться ерунда. Бывают, что гаплотипы похожи (например, гаплотипы групп J1 и J2, или R1a и I2a), а их общий предок жил десятки тысяч лет назад. Это же относится и к сериям гаплотипов из разных субкладов, или когда субклады в серии перемешаны. Тогда в лучшем случае получится датировка общего предка всех задействованных в серии субкладов. В худшем случае - получится бессмыслица.
Наконец, я не рекомендую вести расчеты по двум гаплотипам, даже когда показано, что они оба – из одного субклада. Во-первых, они часто все-таки из разных субкладов, нижестоящих к тому «одному субкладу». Этим обычно можно пренебречь, нижестоящие субклады (часто пока еще неидентифицированные) есть в любом субкладе. Но проблема еще в том, что между двумя гаплотипами обычно имеется намного меньше мутаций, чем в большой серии гаплотипов. Но чем меньше мутаций – тем больше погрешность расчета времени жизни общего предка для двух данных гаплотипов. Еще проблема в том, что на погрешности мало кто смотрит, и еще меньше тех, кто погрешности рассчитывает. Расчеты по двум гаплотипам удобно вести тогда, когда это базовые гаплотипы. Тогда погрешность значительно меньше. На этом можно остановиться в другой раз.
Это было введение. Теперь – конкретный пример. Я его использую, чтобы не было сомнений, что я специально подобрал удобный для себя пример.
Есть два гаплотипа, которые принадлежат соответственно некоему человеку, у него выявлен снип YP6187, и Мусин-Пушкин, у него выявлен снип YP682. Между их 111-маркерными гаплотипами - 15 мутаций. Вопрос – как выявить время жизни их общего предка. Оба гаплотипа относятся к родительскому субкладу R1a-Z92.
Итак, 15 мутаций между двумя 111-маркерными гаплотипами дают 15/0.198 = 76 условных поколений (для 25 лет на поколение) между этими гаплотипами, но при дистанциях, больших 25 поколений, нужно вводить поправку на возвратные мутации. Поправка в данном случае приводит к величине 81 условных поколений, то есть 2025 плюс-минус погрешность. При 15 мутаций погрешность составляет плюс-минус 28% (при доверительном интервале 68%) или плюс-минус 56% (при доверительном интервале 95%). Практика показывает, что в генеалогии 68%-ный доверительный интервал (одна сигма) – вполне достаточно, но если вопрос принципиальный, то можно использовать 95%-ный доверительный интервал (две сигмы). Пока остановимся на 68%-ном (одна сигма). Получаем время жизни общего предка двух упомянутых гаплотипов 2025±567 лет назад (без округления).
Теперь смотрим на датировки образования указанных снипов для тех двух гаплотипов. Они есть в таблицах группы YFull, которые дают для YP6187 1750 лет назад, для YP682 1900 лет назад. Как видим, обе датировки, приведенные даже без погрешностей, совпадают с расчитанной по мутациям в гаплотипах в пределах указанной выше погрешности (2025±567 лет назад). Поэтому ясно, что расчет по мутациям в двух гаплотипах дает время жизни их общего предка, которое согласуется (в пределах погрешности) со временами образования обоих снипов.
Итак, принципиальный вопрос решен. Но посмотрим теперь на погрешности времен образования снипов. Группа YFull дает для YP6187 1750±250 лет назад, для YP682 1900±300 лет назад. Как видим, обе системы – датировки по снипам и расчет по гаплотипам – перекрываются еще более значительно. Это показывает, что расчеты по мутациям в гаплотипах верны. Расчетов по снипам здесь не было вообще, датировки по снипам были просто для контроля.
Но как были получены датировки по снипам в данном случае? Насколько они «точны и объективны»? Давайте посмотрим. Расчет датировки YP6187 был проведен по Y-хромосомам всего двух человек. У одного нашли 9 снипов в соответствующей цепочке, ведущей к данному снипу, у другого 11 снипов. После этого были проведены ряд поправок и пересчетов, и получили те самые 1750±250 лет назад для времени образования YP6187.
Со вторым снипом, YP682, ситуация более интересная. Там цепочки снипов, ведущие к нему, изучали у 19 человек. Наименьшая цепочка была в 4 снипа, наибольшая в 17 снипов. Средняя цепочка после всех корректировок была в 13 снипов. Датировки образования этого снипа, которые считались для всех 19 человек раздельно, варьировались от 679 лет назад и 973 лет назад до 2840 лет назад и 2918 летназад. Замечаете погрешность? Как YFull получили в среднем 1900±300 лет назад – остается только удивляться.
Подобных примеров в таблицах YFull – масса. Вывод прост – о «точности» расчетов по снипам говорить не приходится. Причем чем меньше снипов в цепочке (по которыми ведутся расчеты для времени образования снипов), тем погрешность прогрессивно больше. Работают обычные закономерности статистики. Но в любом случае смотреть на датировки снипов полезно, особенно когда добираться до первоисточника, и смотреть, как и на каком основании проводились расчеты. Иногда кроме снипов других вариантов просто нет. При всей их неточности они часто дают полезную информацию. Главное – не уподобляться незнайкам, которые «на голубом глазу» заявляют, что «считать по снипам точнее». Они не понимают, что именно считать, для чего, что при этом получается, и какие там погрешности расчетов.
Чтобы узнать, когда жил Ваш общий предок с Александром Сергеевичем Пушкиным (или кем-то еще из известных людей), используя приведенные расчеты, нужен Ваш гаплотип, который можно узнать в результате Y-хромосомного ДНК-генеалогического теста.
А.А. Клёсов, профессор
