История клуба начинается в 1996 году. Тогда руководство двух клубов из города Химки решило объединится и подать общую заявку на вступление в четвертый по силе дивизион страны. Однако, это соревнование все еще носило любительский характер. По итогу этого сезона было принято решение о создании юридического лица. Это первый шаг к созданию профессионального клуба. 30 января 1997 - это дата создания профессионального футбольного клуба "Химки". К 2000 году команда вошла в первый дивизион. Шла к этому успеху она без промедлений...

Подмосковные «Химки» и махачкалинское «Динамо» досрочно вышли в РПЛ. Это стало возможным после победы тульского «Арсенала» над «Акроном» (1:0). Таким образом, «Акрон» лишился возможности занять вторую строчку Первой лиги. Команда сыграет в стыковых матчах. Для махачкалинского «Динамо» выход в РПЛ стал первым в истории. По ходу сезона пост главного тренера покинул Курбан Бердыев. Его сменил Хасанби Биджиев. «Химки» вернулись в элитный дивизион России спустя год после вылета. Главным тренером команды является Андрей Талалаев, который возглавляет клуб с апреля 2023 года...