История клуба начинается в 1996 году. Тогда руководство двух клубов из города Химки решило объединится и подать общую заявку на вступление в четвертый по силе дивизион страны. Однако, это соревнование все еще носило любительский характер. По итогу этого сезона было принято решение о создании юридического лица. Это первый шаг к созданию профессионального клуба. 30 января 1997 - это дата создания профессионального футбольного клуба "Химки". К 2000 году команда вошла в первый дивизион. Шла к этому успеху она без промедлений...

После победы над прямым конкурентом Торпедо упрочило своё лидирующее положение в первенстве Олипм - ФНЛ. Такие игры справедливо называют битвой за шесть очков. 31 очко теперь у автозаводцев после 12 тура, отрыв от второго места составляет четыре очка. Когда по окончании прошлого сезона руководство пошло на расставание с тренером, который вывел команду из ПФЛ в ФНЛ, многие сильно удивлялись. Зачем, надо дать тренеру поработать во втором по силе футбольном дивизионе страны, он заслужил это со всей командой...