Уже несколько лет в Google Analytics наблюдается раздваивание посещений из Яндекса на несколько пар источников и каналов:
Основной: yandex / organic
Дополнительный: yandex.ru / referral (вместо ru может быть by, kz и т...
Несколько лет Google Analytics без дополнительных настроек не всегда точно присваивает источник каналу. В результате часть organic переходов из yandex и других поисковых систем попадает в referral. Так же и часть рекламных переходов может попасть в referral (например, yabs...