Даже сокращенные варианты предлагают разные: Софья – это, мол, Соня, а София – это Софа. Имя это этимологически, конечно, одно. Известно, что в окончании – ия было краткое [и], которое в литературной форме перешло в полноценный звук [и], а в разговорном сократилось еще больше до звука [j] (он не пишется, но предполагается в некоторых гласных). Такое происходит во многих именах, но нигде нет такого противоборства, как между Софьей и Софией: Наталья и Наталия, Мария и Марья, даже Анастасия и Настасья...
Гуляет на площадке девочка София с мамой. Я давно обратила внимание, что мама обращается к ней исключительно "София". И тут бабушка другого мальчика неосторожно назвала девочку "Соней"...
Действительно, София и Софья - это разные имена...