Довольно много производителей сканеров и МФУ не делают в своём программном обеспечении поддержки сканирования сразу в PDF документ. А иногда поддержка есть, но только по одной странице. Покупать программы мы как-то не очень любим, а вот заниматься взломом ПО не советую. Лучше найти хорошую бесплатную программу и я вам рекомендую NAPS2. Программа очень простая, позволяет сканировать на WIA и TWAIN устройствах, а итоговые изображения можно сохранять в разные форматы, в том числе в многостраничный PDF...

Многостраничное сканирование в программе Advanced TIFF Editor. Программа позволяет сканировать несколько страниц одновременно и сохранять в один многостраничный файл или в отдельные одностраничные файлы...