На самом деле два из этих слов, а именно "батюшка" и "отец", они - синонимы. Так называют священника его прихожане и его духовные чада. Почему священник для духовных чад - отец? Потому что как отец обычно дает человеку жизнь телесную, так духовный отец или священник, у кого человек регулярно исповедуется, помогает ему жить духовной жизнью. И поэтому такое уважительное обращение к священнику: отец Алексей, отец Павел. Оно со стороны людей вполне уместно. "Батюшка" - это то же самое слово, оно используется в обычном обиходе...