Давайте разложим всё по полочкам, без лишнего академизма, но с толком. Если заглянуть в серьезные словари, те самые, что пылятся на полках у филологов, мы увидим любопытную картину. Слово «шпроты» — это множественное число, а в единственном будет «шпрота». Когда мы начинаем их считать или помещать в банку, возникает тот самый родительный падеж. И вот тут-то собака зарыта. Дело в том, что в русском языке названия мелких предметов, особенно если это еда, часто стремятся к краткости. Ну, знаете, как с «яблоками» и «яблок» (хотя тут как раз «яблок» — норма). Глядя на эти маленькие копченые рыбки, так и хочется сказать покороче...