Если есть договор + спецификация + выставленный счёт — указывать счёт в платёжке не обязательно. Достаточно ссылки на договор и спецификацию (или акт/УПД). Счёт в этой связке — дублирующий документ, а не единственный идентификатор. Но есть нюансы, которые зависят от того, что именно содержит спецификация и как построен договор. Если спецификация содержит: наименование товара/работ, количество, цену, сумму, сроки — то она заменяет счёт как основание платежа. В платёжке пишете: «Оплата по договору № 5 от 01...