Ответ на этот вопрос не только в том, что нота "си" была добавлена последней и её изначальным вариантом был полутоновый шаг от ля ("си-бемоль"). Существует версия, что в эпохи Средневековья и Ренессанса "h" и "b" обозначали немецкие слова для двух вариантов ноты "hart" ("жесткий") для си-бекара и "blatt" ("плоский") для си-бемоля. Есть версия, что путаница связана ещё и с издевательской схожестью написания B и H готическим шрифтом, использовавшимся, помимо прочего, в музыкальных трактатах...

Название взято из квадратной нотации, распространённой в XII - XV веках в западноевропейских богослужебных книгах; она сочетала в себе черты невменной ("иероглефической") нотации и современной линейной, а большинство знаков были квадратными, как и следует из названия. Звук "си" изначально отсутствовал в линейной нотации Гвидо Аретинского. А в квадратной нотации он появился в двух вариантах:...