Есть несколько основных универсальных причин.
1. Неподходящий опыт
Это основная причина. Учить мало кто сейчас готов. И обычно хотят человека, у которого уже есть опыт тех обязанностей, которые ему предстоит выполнять. Но уровень соответствия может быть разным. От "тоже звонил по телефону" до "тоже создавал новое оборудование только для маслоперерабатывающих заводов".
Что с этим делать?
Да, в общем-то, ничего. Если ваш опыт близок, а работодатель внутренне готов быть немного гибким (и 100% подходящих кандидатов нет), то можно возместить недостаток какого-то опыта личными качествами - мотивированностью, приятностью в общении, активностью...
Собеседование всегда волнительно. Кандидаты нервничают, переживают, готовятся. По крайней мере, хочется в это верить. Бывают экземпляры, после общения с которыми остается стойкое ощущение, что он просто мимо проходил и решил зайти узнать что да как. Почему отказали последним понятно. А вот почему отказали тем, кто относится к поиску работы со всей ответственностью? На самом деле не стоит воспринимать отказ как знак того, что все плохо. Это не так. Причин может быть множество как зависящих от Вас, так и связанных с самой компанией...