"Не облагается НДС" означает, что данный контрагент производит расчеты без "накрутки" на цену процента НДС (на сегодня стандартная ставка составляет 20 %). Кроме того, контрагент может быть временно освобожден от уплаты НДС или операция относиться к тем, что не облагатся НДС. Соответственно, покупатель, даже если является плательщиком НДС, не сможет использовать данную покупку для получения вычета НДС, не сможетт уменьшить сумму НДС к уплате за счет этой сделки. Не стоит путать фразы "не облагается НДС" и "без НДС" с "НДС 0%"...

1. Настройка Учетной политики (если вы не плательщик НДС или частично освобождены) Если ваша организация полностью или по определенным видам деятельности освобождена от НДС, убедитесь, что это отражено в учетной политике. Раздел: Главное -> Налоги и отчеты. Перейдите на вкладку "Система налогообложения". Если вы работаете на УСН (упрощенная система налогообложения), то НДС у вас по умолчанию не начисляется, кроме отдельных случаев. Если ОСНО (общая система налогообложения), но есть освобождение по ст. 145 или 149 НК РФ, то это нужно будет указать в самой операции. На вкладке "НДС" (только для ОСНО) проверьте настройки по НДС...