В соответствии с правилами русского языка названия городов согласуются в падеже с определяемым словом. Т.е. это нормально говорить в городе Москве, под городом Екатеринбургом, над городом Санкт-Петербургом. Исключение составляются города с окончанием на -о или содержащие в названии два слова: в городе Кемерово, в городе Минеральные воды. В географической литературе или деловых документах тоже названия городов обычно не склоняют: в городе Самарканд. Что касается деревень и сел, то они тоже согласуются с падеже с определяемым словом: родился в деревне Ивановке...

Как правильно склонять название городов знает далеко не каждый...