Довольно много производителей сканеров и МФУ не делают в своём программном обеспечении поддержки сканирования сразу в PDF документ. А иногда поддержка есть, но только по одной странице. Покупать программы мы как-то не очень любим, а вот заниматься взломом ПО не советую. Лучше найти хорошую бесплатную программу и я вам рекомендую NAPS2. Программа очень простая, позволяет сканировать на WIA и TWAIN устройствах, а итоговые изображения можно сохранять в разные форматы, в том числе в многостраничный PDF...

В бытность работы в администрации университета часто сталкивалась с проблемой объединения отсканированных книг и документов в PDF-ку, решила поделится опытом, вдруг будет кому-нибудь полезно. Когда я только пришла на работу, было так: студент или ассистент кафедры сканирует монографию или статью, и отдает zip-архив со сканами в JPEG-формате нам для внесения в перечень материалов. Мы заливаем его в облачное хранилище, и всё на этом. В перечень внесли? Внесли. Удобно пользоваться? Вроде бы не очень, но «и тааак сойдет»...