Действие происходит до событий оригинальной игры "Сталкер: Тень Чернобыля". Почти все локации те же самые, но теперь на них разворачиваются военные действия между группировками, добывать артефакты сложнее, а сражаться с монстрами и врагами — сложнее. Опытный сталкер-наёмник Шрам вел группу из трёх учёных через болота. Вначале на пути им попалась стая различных мутантов, спасающаяся бегством. А затем они увидели и причину этого бегства — необычайно мощный выброс. Все люди из экспедиции неминуемо погибли, но Шраму каким-то чудом удалось выжить...

Чистое небо - это сталкер про стрельбу. Чтобы у стрельбы была какая-то цель, образовались группировки, которые пытаются захватить какую-либо определенную территорию под свой контроль. Шрам, естественно, может вступить в одну из группировок, что не только увеличит его счет и испортит отношения с второй стороной, но и улучшит отношения с группировкой, в которую он вступает, а также получает бонусы. Естественно, ради бонусов все это и делается Когда Шрам захватывает и удерживает точку, ему выписывают небольшую награду - около 500-800 рублей в зависимости от группировки...