Употребление предлогов в любом языке доставляет кучу проблем тем, кто их изучает. В некоторых случаях правила дают нам конкретные указания, а в некоторых случаях ситуация более расплывчатая. Так, например, с предлогами in и at в отдельных случаях. in school Предлог in употребляется, когда мы хотим сказать, что кто-то учится в школе (в данный момент или вообще), является школьником. Has John graduated yet? No, he’s still in school. - Джон уже закончил школу? Нет, он все еще учится. Don't call me now,  I'm in school...

Предлоги in и at - семантический дублет. Это значит, что они согласуют слова в предложении, но одновременно с этим работают как переключатели смысла в согласуемых словах. Если сказать Mary is at school, то носитель по предлогу at поймет, что school является метонимией "учебы", что фактически означает Mary is studying или Mary is a school-girl...